biochemie

Co stabilizuje sekundární strukturu proteinu: alfa helix vodíkové vazby mezi CO a NH skup. opakují se každé 4 jednotky. alfa helix – vodíkové vazby mezi CO a NH skup. opakují se každé 3 jednotky. beta list vodíkové vazby mezi CO a NH skup. aminokyseliny v těsném sousedství). beta list – vodíkové vazby mezi CO a NH skup. opakují se každé 2 jednotky.

Delta G může být ovlivněno: změnou teploty. změnou pH. změnou rovnovážné konstanty reakce. změnou koncentrace E. změnou aktivity enzymů,. změnou koncentrace substrátu.

Myoglobin se od hemoglobinu odlišuje tím, že: má hem pevně vázaný v globinu. má větší afinitu k O2. má FeIII. má železo kovalentně vázané v porfyrinu.

Nukleofilní skupiny jsou: hydroxylová. aminoskupina. protonizovaná iminoskupina. imidazolová skupina.

Fosforylace: se děje na zbytcích Cys, Ser a Tyr. za spotřeby ATP jí dělají kinázy. defo sforylací se už ATP nedá získat. mění izoelektrický bod.

Iontový součin (produkt) vody je číslo, které udává následující: je to koncentrace ionizovaných molekul vody ve zcela čisté vodě. je to rovnovážná konstanta disociace vody. je to součin koncentrací hydroxylových iontů a protonů, které vznikají ionizací molekul vody. Disociace kyseliny iontový součin zvyšuje. je to součin koncentrací hydroxylových iontů a protonů, které vznikají ionizací molekul vody. Disociace kyseliny iontový součin snižuje.

Mezi vlastnosti vody patří: nízké výparné teplo vzhledem k počtu vodíkových můstků. nízká hustota ledu díky menšímu počtu vodíkových můstků. velké povrchové napětí. vyšší elektrostatické interakce než ve vakuu.

Konformace proteinů: (nativní) je jen jedna možná. nativní se vždy dosahuje působením enzymů (chaperonů). se mění v průběhu enzymatického cyklu. je ovlivněna pH ?.

Pro měření Km a Vmax musí být splněny podmínky: rychlost vzniku ES musí růst. d[ES]/dt~0. S je blízké stavu t=0 a P~0. rychlost vzniku/koncentrace [ES] a [ES‡] musí byt stejné.

Která dvojice enzymů je regulována jednou látkou s reciprokým efektem: fosfoenolpyruvát karboxykinasa a pyruvátkinasa. fruktosa 1,6 bisphosphatasa a fosfofruktokinasa. glukosa 6 fosfatasa a glukokinasa. glukosa 6 fosfatasa a hexokinasa.

Vnitřní mitochondriální membrána: je nepropustná pro NADP, redukční ekvivalenty jsou předávány na první komplex z vnější strany membrány. je nepropustná pro NADP, redukční ekvivalenty jsou předávány prostřednictvím transportních cyklů (malát aspartátový a glycerolfosfátový glycerolfosfátový). nepropustná pro ATP. to pak musí byt transportováno na účet membránového potenciálu vnitřní membrány. nepropustná pro ATP, takže ATP musí byt vyměněno za cytosolické ADP.

Pro oxidačně redukční děje platí: A(ox)+B(red) <---> A(red)+B(ox). delta E=E(A) + E(B). je-li delta E(nula) >0, reakce probíhá samovolně. E=-nF(delta)G. E=nf(delta)G.

Ribóza 5P vzniká v pentózovém cyklu: ribulosou 5 P isomerasou. xylulosou 5 P epimerasou. fru 6 P a GAP transketolasou. sedoheptulosou 7 P transaldolasou a erythrosa 4 P transaldolasou.

Ionty Ca2+ se účastní regulace metabolismu: alostericky aktivuji protein kinasu A. váže se na delta podjednotku kinasa fosforylasy. alostericky aktivují glykogensynthasu. aktivují glykogensynthasu prostřednictvím calmodulin dependentní kinasy.

Co je správně: v játrech fruktosa fruktokinasou na fruktosa-6-fosfat. galaktosa hexokinasou na galaktosa-6-P. fruktosa ve svalech na Fru-6-P. manosa hexokinasou na manosa-6-P.

Bohrův efekt: nenastává při navázání CO. souvisí s uvolňováním H+ při navázání CO2. uvolnění H+ z koncových COOH změnou konformace konců. uvolnění H+ při navázání O2 v důsledku zrušeni některých iontových vazeb.

Enzymy: ubichinon se využívá v enzymech 1. třídytřídy?. kyselina lipoylová v enzymech 2 třídytřídy?.

Cholesterol: prekurzor je HMG coA. všechny uhlíky jsou z acetylu. je z 57 jednotek.

Kyselina močová: kyselina močová je u plazů , ptáků a primátů posledním krokem degradace purinu. u člověka degradována až na močovinu. u vodních bezobratlých a ryb až na NH3.

Alanin má pKa 9.87 a 2.35 - při pH (asi) 12 platí: alanin bude zcela ionizován. bude putovat v elektrickém poli. při pH 2.38 putuje ke kladné elektrodě. při pH 9.87 část ke kladné a část k záporné. při pH 7 neputuje v elektrickém poli.

Vodíkový můstek: má větší energii než kovalentní vazba. má kratší délku, než je součet vanderwaalsových poloměrů zúčastněných atomů.

Co se děje, když se do vody dostane hydrofobní molekula (např. uhlovodík): sníží se entropie. zvýší se entropie.

Neaktivita chymotrypsinu je způsobena: špatnou konformací aktivního centra. v neaktivním stavu je na něj navázán inhibitor, který ho nehydrolyzuje. fosforylací. proteolytickým odštěpením části povrchu proteinu. methylací histidinu. fosforylací histidinu.

Co představuje sekvence (Gly-Pro-Hyp)n: elastin. kolagen. fibroin. keratin.

Stabilita proteinů: iontové síly přispívají hodně, protože jsou silné. vodíkové můstky jsou slabé a proto přispívají málo. elektrostatické síly přispívají hodně. hydrofobní reakce jsou slabé a přispívají proto ke stabilitě proteinů málo.

Proč jistá ryba z Antarktidy nemá hemoglobin: protože ve studené vodě není potřeba kyslík. má jiné barvivo. nepotřebuje jej, protože ve studené vodě je kyslík dobře rozpuštěn.

Při srpkovité anémii se vymění Val6 za Glu6, což způsobí: hemoglobin váže O2 při nízkém pO2. hemoglobin kyslík pevně naváže a nemůže ho ,,odvázat“. není stíněn náboj železa.

Hillova rovnice, když je n=4 tak: pro myoglobin je graf lineární. pro hemoglobin je n=2,8. pro hemoglobin je n=1.

Na 1mol přijatého O2 připadá 0,8mol CO2 v těle, kam se váže CO2 na hemoglobin: na NH3+ konec. Na COO- konce. Cl- jde do erytrocytů a HCO3- jde z erytrocytů ven. váže se ve formě CO3-.

Co vzniká heterolytickým a homolytickým dělením vazby C-H: při heterolytickém štěpení vzniká karbaniont a H+, toto štěpení je nejčastější v živ. soustavách. při homolytickém štěpení vzniká karbaniont a H+, toto štěpení je nejčastější v živ. soustavách. při homolytickém štěpení vzniká dvojice radikálů. při heterolytickém štěpení vzniká karbkationt a H-, především je li přítomen FAD.

Počet chirálních center v ribose se sníží: fosforylací. přidáním nějaké skupiny. záměnou OH za H. linearizací.

D-glukosa a D-ribosa se liší: D-ribosa má o jeden uhlík méně. přítomností redukujícího uhlíku. schopností tvořit intramolekulární hemiacetal. konfigurací na 3. C-atomu. konfigurací na 2. C-atomu.

Vyberte správné tvrzení o O-glykosidické a N-glykosidické vazbě sacharidu na protein: N-glykosidická vazba je nejčastěji na Arg a His. O-glykosidická vazba je nejčastěji na Asp. N-glykosidická začíná 3-N-neur. Acid.

Správné tvrzení o N-glykosilaci: vzniká spojením NH 2 skupiny asparaginu s C1 cukru, většinou N acetylglukosaminu. vzniká propojením N a COOH. vzniká spojením přes amidovou skupinu.

Místem substrátové fosforylace (fosforylace ADP na ATP) v glykolýze je reakce: hexokinasy. fosfofruktokinasy. glyceraldehyd-3-fosfátdehydrogenasy. fosfoglycerátkinasy.

Glykolýzu lze charakterizovat jako: dekarboxylaci. dehydrogenaci. dehydrataci.

Do glykolýzy mohou vstupovat různé hexosy: galaktosa je fosforylována galaktokinasou na galaktosu-6-fosfát, který je substrátem hexosafosfátisomerázy. fruktosa je ve svalové tkáni substrátem hexokinasy a tak vzniká přímo fruktosa-6-fosfát. fruktosa je v játrech substrátem fruktokinasy a tak vzniká přímo fruktosa-6-fosfát. fruktosa je v játrech substrátem fruktokinasy a tak vzniká fruktosa-1-fosfát, který je substrátem fosfofruktokinasy.

Sacharóza: je syntetizována z UDP-glukosy a fruktosa-6-fosfátu. je syntetizována z CDP-glukosy a fruktosa-6-fosfátu. je glukózo-α(1→4)-fruktóza. je glukózo-α(1→2)-fruktóza.

Oxidace glukosy poskytne 36 až 38 ATP, předpokládejme, že je to 36 ATP – rozhodněte, jestli výtěžky souhlasí: pyruvát --> 15 ATP. fruktosa-1,6-bisfosfát --> 38 ATP. fosfoenolpyruvát --> 16 ATP. dihydroxyacetonfosfát -> 17 ATP. DHAP --> 19 ATP.

Které tvrzení o mechanismu pyruvátdekarboxylázy je pravdivé: substrát je dekarboxylován po připojení na lipoyllisylové raménko. substrát je dekarboxylován po připojení na TPP. lipoyllisilové raménko je po odevzdání acetyl-CoA redukované a musí se oxidovat. lipoyllisilové raménko je po odevzdání acetyl-CoA oxidované a musí se redukovat.

Vysoké hladiny citrátu v buňce signalizují dostatek energie: proto citrát alostericky aktivuje karboxylasu acetyl-CoA. proto citrát snižuje aktivitu pentosofosfátové dráhy. proto citrát alostericky aktivuje malátdehydrogenasu. proto citrát v játrech snižuje vstup glukosy do buněk.

Správné tvrzení: NADH v cytoplasmě přenáší e-přímo na komplex I v membráně. NADH přenáší e- do oxidačního řetězce přes glycerolfosfátový a malát-aspartátový cyklus. komplex III přenese 2H+ na každý e- z CoQ.

Q cyklus se uplatňuje při: přenosu elektronů v rámci cytochrom-oxidasy. rotaci pohyblivé části komplexu FoF1 ATP-synthasy. reakcích komplexu III. postupné redukci molekuly kyslíku na vodu.

FAD: přenáší 2e- a 2H+ a současně NAD přenáší 2e- a 1H+. je využíván v mitochondriích při malát-aspartátovém cyklu.

Cytochrom c je součástí řetězce transportu elektronů v mitochondriích: je součástí komplexu IV, spolu s cytochromy a a a3. je součástí transmembránového komplexu ubichinol-cytochrom c-reduktasy (komplex III), spolu s cytochromy b a c. není membránovým proteinem. obsahuje železo, a to jako součást hemové prostetické skupiny.

Cytochrom c: funkčně spojuje komplex II a komplex IV. přenáší právě jeden elektron.

Při oxidativní fosforylaci jdou elektrony z komplexu I: na CoQ. na komplex II a pak na CoQ. na komplex III a pak na CoQ. na CoQ a pak na komplex II.

Koenzym Q: přenáší elektrony mezi komplexem I a III. přenáší elektrony mezi komplexem II a III. v rámci Q-cyklu přenáší 2 protony na každý elektron přenesený na cytochrom c1. v rámci Q-cyklu přenáší jeden proton na elektron přenesený na cytochrom c1.

Jaké transportní systémy jsou přítomny na vnitřní mitochondriální membráně: antiport ATP-ADP. antiport NAD+/NADH. translokátor pro karnitin. antiport malát aspartát.

Posuďte pravdivost následujících výroků: změna redoxního potenciálu závisí na redukčních potenciálech dílčích reakcí Ea a Eb podle vztahu ΔE = Ea + Eb. pozitivní hodnota standartního redoxního potenciálu indikuje spontánní průběh reakce. ∆G = nF∆E. ΔG = -RTΔE.

Oxidace monosacharidů – kyseliny aldonové a uronové – Aox + Bred = Ared + Box – platí: je li ∆E > 0 probíhá reakce samovolně. E = -nFΔG. E = nFΔG.

Insulin stimuluje: vstup glukosy do svalových buněk. vstup glukosy do jaterních buněk. syntézu glykogenu v játrech prostřednictvím fosforylace glykogen syntázy. syntézu glykogenu v játrech prostřednictvím aktivace protein kinázy A.

Proteiny Ca2+ se účastní regulace metabolismu glykogenu ve svalu tak, že: aktivují prostřednictvím kalmodulinu protein kinasu A – PAK. alostericky aktivují glykogensynthasu. se váží na δ-podjednotku kinasy fosforylasy. aktivují glykogensynthasu prostřednictvím kalmodulin-dependentní proteinkinasy.

Glykogenfosforylasa: je přímo aktivována glykogenfosforylasou kinasou. je inhibována fosfoproteinfosfatasou I. je přímo aktivována vysokou hladinou cAMP. je aktivována Ca2+.

Které tvrzení o mechanismu pyruvátkarboxylasy je pravdivé: substrát je dekarboxylován po připojení na lipoyllisylové raménko. substrát je dekarboxylován po připojení na THF. lipoyllisylové raménko je po odevzdání acetyl-CoA redukované a musí se oxidovat. lipoyllisilové raménko je po odevzdání acetyl-CoA oxidované a musí se redukovat.

Co se uplatňuje v glukoneogenezi: konverze malátu na oxaloacetát. štěpení ATP. PEPCK. isocitrát lyasa.

Který enzym se účastní reakce, při které vzniká ribosa-5-fosfát: ) ribulosa 5 fosfát isomeráza. ) xylulosa 5 fosfát epimeráza. fruktosa-6-fosfát a GAP transketoláza. sedoheptulosa-7-fosfát transaldoláza a erythrosa-4-fosfát transaldoláza.

Co probíhá nebo vzniká oxidačními reakcemi v pentosafosfátové dráze: NADPH a glyceraldehyd-3-fosfát. oxidativní dekarboxylace. aldolázové štěpení.

Oxidace nenasycených mastných kyselin, například kyseliny linolové, vyžaduje přítomnost dvou enzymů (navíc k enzymům přítomným) – které to jsou: isomerasa, která transformuje 3,4 cis,6,7 cis enoyl CoA na 2,3 trans,6,7 cis enoyl CoA. isomerasa, která transformuje 3,4-cis,6,7-cis enoyl CoA na 2,3-trans,7,8-trans enoyl CoA. specifickou hydratasu, která transformuje 2,3-cis enoyl CoA na D-3-hydroxyacyl CoA. specifickou epimerasu, která transformuje D-3-hydroxyacyl CoA na L-3-hydroxyacyl CoA.

Správné tvrzení: fosfolipáza A1 štěpí C1-C2 vazbu na glycerolu. fosfolipáza A2 štěpí C1-C2 vazbu na glycerolu. působením fosfolipázy D vzniká kyselina fosfatidová. působením fosfolipázy C vzniká lysofosfolipid.

Adipocyty slouží k ukládání a případnému opětnému mobilizování tukových zásob. O původu molekul triacylglycerolů v adipocytech lze říci: byly syntetizovány v játrech z volných mastných kyselin. byly syntetizovány v adipocytech z volných mastných kyselin. byly absorbovány ve střevě a přeneseny k adipocytům prostřednictvím chylomikronů. byly syntetizovány z mastných kyselin, které byly vytvořeny de novo v játrech.

Která tvrzení o cholesterolu jsou pravdivá: jeho prekurzorem je β-hydroxy-β-methylglutaryl-CoA (HMG-CoA). všechny jeho uhlíky pocházejí z acetylu. skvalen je složen z 8 izoprenových jednotek.

Cholesterol: je přítomen v plasmatické membráně. je prekurzorem vitaminů. je syntetizován z isopentenyl-pyrofosfátu, aktivované formy isoprenu. je prekurzorem žlučových solí a testosteronu.

Z následujících aminokyselin vyberte takové, které jsou všechny katabolizovány na společný meziprodukt Krebsova cyklu: Ala, Leu, Ile, Met. G, S, Q, N. Lys, Leu, Ser, Cys. P, E, N, R.

S-adenosylmethyonin – SAM: vzniká při degradaci methioninu. se účastní methylace adrenalinu při vzniku noradrenalinu. je methylován N5,N10-methionin THF. obsahuje adenin. obsahuje atom síry. poskytuje metylovou skupinu. poskytuje thiolovou skupinu.

Do močovinového cyklu vstupuje: aspartát. fumarát.

Katabolismus purinů končí: kyselinou močovou u plazů. alantoinem u všech savců s vyjímkou primátů. alantoovou kyselinou u kostnatých ryb. močovinou u kostnatých ryb. amoniakem u mořských bezobratlých.

Molekula na obrázku je?. Beta-D-fruktopyranosa. Beta-D-glukopyranosa. Alfa-D-fruktopyranosa. Alfa-D-glukopyranosa.

Molekula na obrázku je: koenzym NADH. koenzym thiamin pyrofosfát. koenzym biotin. CoA.

Metylace jako posttranslační modifikace proteinů se v buňkách ... aminokyselinách. (asi zvýšení bazicity). Lys, Pro. Arg, Glu. His, Lys. Arg, His.

Při akompetitivní inhibici: Vmax se snižuje a Km se nemění. Vmax se snižuje a Km se zvyšuje. Vmax i Km se snižují. inhibitor nesoutěží se substrátem o stejné místo.

Katalytická konstanta, Kcat je definována jako: podíl maximální rychlosti (Vmax) a celkové koncentrace enzymu. koncentrace substrátu, při které je v0 rovna Vmax. koncentrace substrátu, při které je v0 rovna 1/2 Vmax. počet molekul přeměněných enzymem za jednotku času.

Parametry alfa-helixu jsou: 3,0 aa na obrátku s výškou 6,0 A. 3,6 aa na obrátku s výškou 5,4 A. 4,4 aa na obrátku s výškou 5,2 A. Ani jedna z uvedených možností.

Symetrický model allosterie postuluje následující předpoklady. Allosterický protein je symetrickým oligomerem identických protomerů. Protomery mění konformaci společně (symetrie oligomeru zůstává zachována). Afinita protomeru pro vazbu ligandu se mění s množstvím ligandu, navázaného v oligomeru. Každý protomer může existovat ve stavech T (tensed) a R (relaxed).

EC číslo pro daný enzym je 2.7.1.40., patří tedy do skupiny: transferázy. oxidoreduktázy. ligázy. izomerázy.

V rámci hexokinázové reakce dochází k nukleofilnímu ataku C6 OH-skupiny glukózy. reakce se účastné Zn2+. Pro reakci je důležité, aby došlo k zamezení přístupu vody do reakčního centra. Reakce je příkladem kovalentní katalýzy. V rámci reakce se uplatňuje orientační efekt.