Fyzio buňky

Fosforylace: probíhá pouze v hydroxylovaných AMK.

P-pumpy: jsou v plazmatické membráně. inhibitorem je vanadát. N-doména je kovalentně modifikována na Arg351. P-doména je kovalentně modifikována.

Steroidní receptory: po vazbě na PM aktivují kinázy. po vazbě v cytoplazmě se translokují do jádra, kde regulují transkripci. jsou to TF. vážou steroidní hormony, např. tyroxin a kyselinu retinovou.

TGF-beta receptory: aktivují SMAD. interakce s receptory heterotetramery nebo heteropentamery RI, RII, RIII. aktivují spřažené Ser/Thr kinázy.

Jaká je úloha mitochondrií při apoptóze: uvolnění cytochromu c.

V intermembránovém prostoru mitochondrie je: cytochrom c. apoptózu indukující faktor. adenylát kináza. kreatin kináza.

Scrambláza: ruší asymetrii membrány přehazování fosfatidylserinu do vnější membrány. má úlohu v apoptóze. je aktivovaná ROS. patří mezi flopázy. Ruší asymetrii membrány a vede k nárůstu množství fosfatidylcholinu na vnitřní straně membrány.

Signál pro transport: do ER he to KDEL. do lysosomu je to manóza-6-fosfát.

Co je to Zellwegerův syndrom: mutace v genech pro PEX. autozomálně dominantní onemocnění. dochází k poruchám orgánů na základě akumulování dlouhých řetězců.

Hydrogenosom: způsobuje přeměnu iontů H+/- na H. má v sobě poslední 3 enzymy glykolýzy. je u čeledi Trypanosomidae. má svoji vlastní DNA.

Na likvidaci ROS se podílejí následující enzymy: superoxid dismutáza. superoxid reduktáza. gluthation reduktáza. kataláza.

Savčí mitochondriální genom (lidský): kóduje 13 proteinů, 22 genů pro tRNA a 2 rRNA. v matrix jsou rozmístěny stovky kopií genomu. kóduje některé podjednotky OXFOS, Krebsova cyklu, elektrotransportním řetězci. obsahuje asi 16,5 kbp. společně s proteiny tvoří nukleotidy.

Bakteriorhodopsin: světlem poháněná motorová pumpa. obsahuje aldehydretinal, který převadí z cis na trans. má 7 transmembránových alpha helixů. má 7 transmembránových beta listů.

V savčím mitochondriálním genomu je pro komplex III kódována: 1 podjednotka. 2 podjednotky. 3 podjednotky. 0 podjednotek.

Jak je přenášena glukóza na apikální stranu buněk tenkého střeva: pasivně symportem s Na+. prostou difúzí. sekundárně aktivním transportem s Na+. aktivně symportem s K+. aktivně antiportem Na+. antiportem K+.

ABC přenašeče: přenášejí malé hydrofóbní molekuly. jen ionty. jen malé molekuly a peptidy. Vše od malých iontů po proteiny.

Co působí jako inhibitor Na+/K+ ATPázy?. digitoxin. onabain. rotenon.

K čemu dochází při apoptóze?. k rozpadu jaderné laminy a disociaci jádra. vylití cytochromu c do cytoplazmy (z mitochondrie). ATP syntáza se zastaví. vylití cytochromu c z matrix mitochondrie. dojde k lýzi buňky. ATPsyntáza se točí opačně a na úkor ATP tvoří protonový gradient. se zvýší aktivita ATP hydrolázy. IAP se uvolňuje z intermembránového prostoru mitochondrie. se z mitochondrie uvolní kaspáza 9. vylití buněčného obsahu do EC?.

V ER probíhají posttraslační modifikace. Které?. fosforylace. oligomerizace. glykosylace. proteolýza.

Transport mitochondrií: signální sekvence je na N-konci. signální sekvence může být na N-konci nebo uprostřed sekvence. signální sekvence není odštěpena a zůstává součástí proteinu.

Export RNA z jádra: je Ran nezávislý. rRNA vychází ve formě sbalených podjednotek ribozomů. probíhá pouze export z jádra a ne do.

Jaderná membrána: je dvojitá a vnější a vnitřní membrána jsou propojeny jadernými póry. obě membrány jsou propojeny s lumen endoplazmatického retikula.

Jak je nazýván prostor mezi membránami jádra: perinukleární. periplazmatický.

Vnitřní organizace jádra: je členěná fosfolipidovou membránou. není členěná fosfolipidovou membránou. uprostřed jádra je euchromatin.

GPI kotva: je extracelulární. je připojena na N-konec proteinu. připojuje C-konec proteinu. skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, N acetylglukosaminu, fosfoethanolaminu. proteiny na ni připojuje GPI-trasmidáza. je v intracelulárním prostoru. skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, glukosaminu, fosfoethanolaminu. vyskytuje se na vnějším listě PM.

Sfingomylein má jako polární skupinu: fosfoserin. fosfatidylcholin. oligosacaharid. fosfocholin.

Transport proteinů do ER: solubilní proteiny mají KDEL sekvenci. membránové proteiny mají KKXX sekvenci.

Choleratoxin: vstupuje do buněk tenkého střeva receptorem zprostředkovanou endocytózou. způsobuje otevření Ca2+ kanálů. aktivuje adenylát cyklázu.

Onkogeny: vznik změnou exprese nebo jinou změnou protoonkogenů. transformace genů pro proteiny ovlivňující růst a diferenciaci buněk. je to dominantní změna.

In vitro charakteristiky nádorové transformace buněk: buňky mají schopnost růst i bez podkladu. buňky mají neomezený replikační potenciál. ztráta kontaktní aktivace.

Nenasycené mastné kyseliny v membráně: zvyšují rigiditu. snižují rigiditu. zvyšují teplotu přechodu z tekuté do tuhé fáze.

Palmitoylová kotva: vazba přes C-konec navázaného proteinu. vazba přes N-konec navázaného proteinu na cystein. vazba přes SH skupinu cysteinu navázaného proteinu. orientace intracelulárně. vazba na glycin na N-konci navázaného proteinu. je striktně extracelulární.

Disulfidické můstky: vznikají pouze v ER. mohou se přestavovat pomocí enzymu. jsou mezi sírou aminokyselin cysteinu a methioninu. vznikají mezi atomy síry cys. mohou vznikat v intermembránovém prostoru mitochondrie. probíhá pomocí disulfid izomerázy.

Špatně sbalené proteiny v ER. Co se s nimi děje?. zůstávají v ER. váže se na ně kalretikulin a kalcineurin. jsou odbourávány ERAD dráhou. váže se na ně kalretikulin a kalnexin. jsou degradovány proteázami sídlícími v ER.

Co určuje orientaci C- a N- konce při transkripci?. sekvence kladně nabitých AMK. Sekvence bohaté na Arg, Lys. Sekvence bohaté na Val a Leu. Sekvence bohaté na Tyr a Trp.

F1-podjednotka bakteriální ATP syntázy: je tvořena podjednotkami a, b, c. je tvořena podjednotkami alfa, beta, gama, delta a epsilon v poměru 1:1:1:3:3. je rotorem. je statorem. je tvořena podjednotkami alfa, beta, gama, delta a epsilon v poměru 3:3:1:1:1. a,b podjednotky jsou rotor. alpha a beta podjednotky jsou stator.

Inhibitor splývání váčků: botulotoxin. alfatoxin. tetanotoxin. Ricin. Schigellatoxin.

Protein pRB: tumorsupresor. protonkogen. regulován fosforylací. regulován degradací.

Protein c-Myc: je transkripční faktor s homeodoménou vázající DNA. je transkripční faktor s motivem helix-loop-helix vázajícím DNA. mutace v něm je specifická pro gliomy. mutace v něm je specifická pro karcinom tlustého střeva. jeho aktivace je nutná pro inhibici terminální diferenciace buněk. reguluje přechod G2/M.

Thioredoxin: udržuje v lumen ER redoxní stav. udržuje v cytoplazmě cysteiny v SH formě— zajišťuje redukční prostředí cytosolu. má sekvenci gly-cys-glu. obsahuje CXXC motiv. obsahuje -SH skupiny schopné přecházet z redukovaného do oxidovaného stavu. tvoří disulfidické mustky, S-S.

Přenos signálu fosforylací: sterická interference s vazbou substrátu nebo ligandu. vytvoření vazebného místa. změna konformace. změna lokalizace.

Fosforylace na tyrosinu: způsobuje signalizaci především sterickou interferencí. způsobuje signalizaci především vytvořením nového vazebného místa. neexistuje u prokaryot a nižších eukaryot. k jejímu rozvoji dochází se vznikem mnohobuněčnosti. u prokaryot a jednobuněčných eukaryot je vzácná. vzniká se vznikem mnohobuněčnosti.

SH2 doména: interaguje s Tyr-kinázami. interaguje se Ser/Thr-kinázami. je DNA-vazebný protein. zprostředkovává protein-proteinové interakce. rozpoznává fosfotyrosin v určité AA sekvenci. rozpoznává fosfoserin v určité AA sekvenci.

Jak řeší nádorová buňka samostatnost co do růstových faktorů?. sama si je vytvoří. vytváří více receptorů pro růstový faktor. mutací vytváří neustále aktivní receptor. donutí buňky nádorového stromatu syntetizovat růstové faktory.

Lipidy se podílejí na sortingu do váčků. Který z nich především?. cholesterol. sfingosin. fosfatidylinositol. fosfatidylethanolamin. fosfatidylcholin.

Na diagramu hydrofobicity je 7 hydrofobních oblastí, jedná se nejspíše o?. adenylát cyklázu. Na/K pumpu. ABC transportér. glukózový transportér. napěťově ovládaný kanál. receptor pro acetylcholin muskarinového typu. rhodopsin.

Jaká redoxní centra jsou v komplexu III?. Rieskeho protein s Fe-S centrem, cytochrom bH a bL, c1 (hem). NADH a FAD. cytochrom c, cytochrom a a1. centra s Cu.

Laminy: lamin A a B vznikají z jednoho transkriptu. vyskytují se u všech eukaryot. lamin B není v embryonálních. na C-konci mají izoprenylovou kotvu. A a B se vytvářejí alternativním sestřihem. na C-konci jsou isoprenylovány. A a C se vytvářejí alternativním sestřihem. jsou tvořeny přikládáním hexamerů k membráně.

Jaderný pór: skládá se z nukleoporinů. brání volné difúzi proteinů větších než 40 kDa. tvoří místo kontaktu vnější a vnitřní membrány. jeho prostřednictvím je propojena vnitřní a vnější membrána.

Importin beta: váže náklad s GTP-Ran. váže náklad s GDP-Ran. váže náklad v nepřítomnosti Ran-GTPázy. potřebuje k transportu importin alfa.

Peroxisomy: probíhá v něm metabolismus MK s dlouhým řetězcem - beta oxidace. nevzniká de novo, pouze dělením již existujících organel jako mitochondrie. může vznikat de novo pučením z ER. proteiny do nich směřuje signální sekvence SKL. proteiny do nich směřuje signální sekvence KDEL. proteiny transportovány nesbalené pomocí chaperonů. u rostlin jsou modifikované na glyoxysomy.

Čím se vyznačuje transport do peroxisomů: signální sekvence se nachází na N-konci. transportován je již složený protein. signální sekvence je Ser-Lys-Leu. transportují se proteiny v nativní konformaci. směrovací sekvence je SKL. signální sekvence je na C-konci.

Transport glukózy ze střeva : na apikální straně probíhá usnadněnou difúzí přes glukózový transportér (pasivní). na apikální straně probíhá antiportem s Na+. na apikální straně probíhá symportem s K+. nepotřebuje přenašeče, probíhá samovolně difúzí.

Jak vypadá transportní systém TOM?. TOM 40, TOM 22, TOM 5, TOM 6, TOM 7, TOM 70. TOM 40, TOM 22, SAM 50 a další. nějaké proteiny TOM a Oxa1. nějaké proteiny TOM a Sec61.

SRP částice: je heterotrimer proteinů. je ribonukleoprotein tvořený RNA a 6 proteinovými podjednotkami. p54 je důležitý pro rozeznání cílové sekvence. RNA je dlouhá 492 bází. slouží k transportu proteinů do ER. RNA má asi 300 bází. p2 je důležitý pro rozeznání cílové sekvence.

Transport do mezimembránového prostoru mitochondrií: probíhá přes TOM, pomocí MIA složení SS můstků. přes TOM a TIM, pak ustřižení intermembránové domény. složení už v cytosolu a pak transport přes SAM. do matrix, tam složení a přes Oxa1 ven.

Kolik molekul ATP dostaneme z 1 pyruvátu vstupujícího do mitochondriální matrix za aerobních podmínek?. 30. 36. 12,5. 18. 14,5.

Recyklace SNARE proteinů: probíhá pomocí AAA proteáz, SNARE jsou následně degradovány proteolýzou. zamotané v- a t-SNARE dojdou až do lysozomu, kde jsou rozloženy. v-SNARE je retrográdním transportem vráceno na původní membránu. pro regeneraci SNARE je třeba GTP.

Transportní váčky: COPII se uplatňují v retrográdním transportu. clathrinové se uplatňují v endocytóze. COPI v anterográdním transportu. COPI využívají GTPázu ARF1. kalveolin se uplatňuje při pinocytóze. clathrin se uplatňuje při retrográdním transportu.

Na přechodu proteinu mezi membránou a vodným prostředím se vyskytují které aminokyseliny?. Tyr, Trp. Met, Cys. Val, Leu. Asp, Glu.

O-glykosylace: probíhá na vnitřní ER membráně. probíhá na vnější membráně ER. cukry jsou vázány na OH-skupinu Ser a Thr. cukry jsou vázány na OH-skupinu Ser a Gln. prekurzory jsou fosforylované monosacharidy. prekurzory jsou nukleotidové deriváty monosacharidů. výjimečně může být glykosylován hydroxylysin. prekurzory jsou monosacharidové deriváty nukleotidů.

Sfingolipidy: skládají se ze sfingosinu, přes hydroxylovou skupinu navázané mastné kyseliny a přes amino skupinu navázanou polární část (cukr nebo např. fosfocholin). skládají se ze sfingosinu, přes amino skupinu navázané mastné kyseliny a přes hydroxylovou skupinu navázanou polární část (cukr nebo např. fosfocholin). ceramid je prekurzor sfingolipidů, za X má navázán jen H. sfingosin má dlouhý řetězec s až 90 C.

Fosfolipázy: A1 a A2 štěpí MK na prvním, resp. druhém uhlíku. B štěpí polární skupinu vč. fosfátu. C štěpí MK bez rozdílu. D štěpí polární skupinu bez fosfátu.

Cholesterol: polární část tvoří karboxylová skupina. zvyšuje rigiditu membrán. společně se sfingolipidy se vyskytuje v membránových raftech ve zvýšené koncentraci. stejně jako fosfatidylserin se vyskytuje hlavně ve vnějším listu membrány.

Interakce proteinů s fosfolipidovou dvojvrstvou je zajištěna přes: α-helix, z asi 12 polárních AK. β-skládaný list, střídají se polární a bazické AK. β-barel, antiparalelní listy.

Glukózový transporter: 10× prochází přes membránu. α-helixy tvořeny neuspořádaně z polárních a hydrofobních AK. regulován insulinem kovalentní modifikací. 12x prochází přes membránu.

Transport do ER: kotranslační i potranslační. do lumen signální sekvence, 3 obsahují hlavně AMK Leu. přes Sec61, což je porin. pro transport je nezbytná částice SRP.

SNARE proteiny po splynutí váčků: jsou rozpleteny AAA proteázou. v-SNARE se retrográdním transportem vrací, recykluje. jsou degradovány v lysosomu. jsou výhradně transmembránové.

Ran GTPáza: je v jádře ve formě Ran-GDP. je v cytosolu ve formě Ran-GTP. GEF je na cytosolické straně póru. jako GAP se asociuje s euchromatinem.

Transport RNA z jádra: pouze export, nikdy ne import. závislý na Ran-GTPáze. RNA exportováno ve formě ribozomálních podjednotek. export mRNA funkčně propojen se sestřihovými faktory.

Kináza: aktivační smyčka po fosforylaci brání navázání substrátu. aktivační smyčka po fosforylaci umožňuje navázání substrátu. aktivační smyčka se nachází v C-koncové α helixové doméně. aktivační smyčka se nachází v C-koncové β-listové doméně. nefosforylovaná aktivační smyčka brání navázání substrátu.

Vazba ubiquitinu, SUMO a NEDD8: vede k degradaci. vážou se přes S-S vazbu. vážou se peptidickou vazbou. vážou se autokatalyticky.

Proteolýza: je nevratná modifikace. vede výhradně k degradaci. uplatňuje se v Notch signalizaci. calpain provádí proteolýzu.

Produkce Ca2+ je spuštěna: cAMP. IP3. cGMP. cADPR.

p53: je to tumor-represor. je to TF. je inhibován fosforylací. je inhibován degradací.

Nádorové stroma: jsou vlastní nádorové buňky. jsou ostatní buňky nádoru. slouží k výživě a transportu nádorových buněk.

Proti nádoru působí: vrozená imunita. získaná imunita. může být aktivována zánětlivými procesy. může být inhibována zánětlivými procesy.

Sirtuiny: účastní se regulace metabolismu. mají deacetylázovou aktivitu. mají jinou enzymatickou aktivitu. jsou protein acetylázy.

Acetylcholinový receptor muskarinového typu: je spřažený s trimerním G proteinem.

Vyberte pravdivá tvrzení o koncentracích iontů: intracelulárně je více Na+. extracelulárně je více K+. extracelulárně je více Ca2+. Na je více v extracelulárním prostoru. K je méně v extracelulárním prostoru. Cl je v buňce x mmol.

Které z následujících patří mezi P-pumpy?. H+/K+ v apikální membráně buněk žaludeční sliznice. Ca2+ pumpa v mitochondriální membráně.

CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator): je ABC přenašeč. pro přenos Na+.

AAA proteázy: jsou jen u eukaryot. degradují transmembránové mitochondriální proteiny. většinou tvoří hexamery uspořádané do kruhu s centrálním porem. spotřebovávají ATP, dochází k jejich konformačním změnám.

SKL se nachází: Na N-konci. Na C-konci.

Cytokininové receptory: dimerizují po navázání ligandu. jsou hlavně tyrosinové. fosforylují STAT faktory. asociovány s kinázami.

Nádorové supresory: zabraňují abnormální proliferaci a přenosu poškozené genetické informace. inaktivace má recesivní charakter. inaktivace má dominantní charakter.

N-glykosylace: oligosacharidový prekurzor je (GluNAc)2 (Man)9 (Glu)3. inhibitorem je tunikamycin. probíhá nejprve na dolicholu, což je aminoalkohol podobný sfingosinu s dlouhým řetězcem.

Telomeráza je: reverzní transkriptáza. neaktivní v tělních buňkách.

Jak se tvoří COPII váčky: vazba na G protein ARF, pak sec. vazba na Sar1, pak navázání Sec23, Sec24, Sec31, Sec13 atd.

Améboidní migrace a mezenchymální migrace: Rac, Rho signalizace. proteolytická aktivita extracelul. matrix. kulatý tvar.

NLS je napojen na protein: C-koncem. N-koncem. krátká sekvence s obsahem Arg a Lys. krátká sekvence s obsahem Leu. krátká sekvence s pozitivně nabitými AMK.

c-ras: spouští aktivaci Smad nezávisle na TGF receptorech. spouští MAPK nezávisle na receptoru. mutace v něm je specifická pro gliomy. mutace v něm je specifická pro karcinom tlustého střeva. protoonkogen.

Warburgův efekt se vyznačuje: zvýšenou produkcí ketolátek v důsledku zvýšeného štěpení glukózy nádorovými buňkami. zvýšenou glykolýzou nádorových buněk. zvýšenou oxidativní fosforylací. zvýšenou autofagií.

Inositol-1,4,5-trisfosfát: vzniká fosfodylaci inositolu-1,5-bisfosfatu. vzniká štěpením fosfatidylinositolu fosfilipázou C. vzniká štěpením fosfatidylinositolu fosfolipázou D. aktivuje Ca2+ kanály v cytoplasmě.

Na hydropatickém grafu je 12 transmembránových domén, jedná se nejspíše o: adenylát cyklázu. Na/K pumpu. ABC transporter.

Mezenchymální migrace nádorů: extracelulární migrace zahájená proteolytickou aktivitou.