Steroidní receptory intracelulární receptory extracelulární receptory jejich ligandy jsou lipofilní povahy vstupují do jádra.
Fosforylace probíhá pouze na hydroxylovaných AMK probíhá pomocí kináz fosforylovanými AK jsou například tyrosin, serin, threonin probíhá pomocí fosfatáz.
TGF beta receptory aktivují Smad fosforylací interakce s receptory heterotertamery nebo heteropentamery RI, RII, RIII jsou intracelulární aktivují spřažené Ser/Thr kinázy.
P-pumpy jsou pouze v plazmatické membráně inhibitorem je vanadát P doména je kovalentně modifikována N doména je kovalentně modifikována na Arg 351 .
Úloha mitochondrií při apoptóze uvolnění cytochromu c aktivuje TRADD dráhu apoptózy interaguje s Fas receptorem dalšími molekulami uvolněnými z mitochondrie jsou Smac, AIF, endonukleáza G.
SS můstky v ER vznikají pouze v ER mohou se přestavovat pomocí enzymu jsou mezi sírou aminokyselin cysteinu a methioninu vznikají mezi atomy síry aminokyseliny cysteinu .
V intermembránovém prostoru mitochondrie je cytochrom c apoptózu indukující faktor adenylát kináza kreatin kináza.
Scrambláza ruší asymetrii membárny přehazování fosfatidylserinu do vnější membrány má úlohu v apoptóze je aktivovaná ROS patří mezi flopázy.
Signál pro transport do endoplazmatického retikula je KDEL M6P se upravuje v cis Golgi proteiny cílené na membránu mají sekvenci se dvěma kyselinami (Asp-X-Glu) do lysozomu je Mannosa-6-P.
Zellwegerův syndrom mutace v genech pro peroxiny autozomálně dominantní onemocnění v buňce se akumulují dlouhé řetězce mastných kyselin způsobuje orgánové poruchy (hlavně mozek, játra, ledviny).
Na likvidaci ROS se podílí tyto enzymy superoxid dismutáza superoxid reduktáza glutathion reduktáza kataláza.
Mitochondiální savčí genom má 16 504 bp kóduje 13 proteinů, 22 genů pro tRNA a 2 rRNA v matrix jsou rozmístěny stovky kopií genomu kóduje některé podjednotky OXFOS a Krebsova cyklu.
Hydrogenozom má v sobě poslední 3 enzymy glykolýzy je u čeledi trypanosomidae způsobuje přeměnu H+ na H má svoji vlastní DNA.
Bakteriorhodopsin světlem poháněná protonová pumpa obsahuje aldehyd retinal, který ovlivňuje cis trans konformaci proteinu tvoří dimer má 7 alfa transmembránových helixů.
V savčím mitochondriálním genomu je pro komplex III kódována žádná podjednotka 1 podjednotka 2 podjednotky 3 podjednotky.
Glukóza je přenášena přes apikální stranu buněk tenkého střeva - translokátorem antiportem s K+ pasivně symportem s Na+ difuzí, není potřeba přenašeč aktivně antiportem s Na+ aktivně symportem s K+ sekundárně aktivním symportem s Na+.
ABC přenašeče přenášejí jen malé hydrofóbní molekuly jen ionty jen velké molekuly a peptidy všechno od iontů po peptidy.
Inhibitorem Na+/K+ ATPázy je digitoxin rotenon ouabain kurare.
Při apoptóze dochází k rozpadu jaderné laminy a disociace jádra vylití cytochromu c z matrix mitochondrie vylití cytochromu c do cytoplazmy zastavení ATP syntázy.
V endoplazmatickém retikulu probíhají posttranslační modifikace fosforylace glykosylace proteolýza oligomerizace.
Pro transport proteinů do ER platí je nutná SRP signální sekvence je na N konci je výhradně kotranslační signální sekvence obsahuje hlavně aminokyselinu Leucin.
Transport do mitochondrií signální sekvence je na N- konci signální sekvence může být na N konci nebo uprostřed sekvence signální sekvence není odštěpena a zůstává součástí proteinu složení signálních sekvencí záleží na cílovém umístění proteinů.
Export RNA z jádra je Ran nezávislý rRNA vychází ve formě sbalených podjednotek ribozomů probíhá pouze export RNA z jádra, nikoliv import do jádra probíhá pomocí importinů.
Jaderná membrána je dvojitá a vnější a vnitřní membrána jsou propojeny jadernými póry obě membrány jsou propojeny s lumen endoplazmatického retikula vnější membrána přechází v membránu endoplazmatického retikula během savčí replikace se nerozpadá.
Prostor mezi membránami jádra je nazýván perinukleární periplazmatický.
Vnitřní organizace jádra je členěná fosfolipidovou membránou není členěná fosfolipidovou membránou uprostřed jádra je euchromatin.
GPI kotva je extracelulární je připojena na N-konec proteinu přenos proteinu na GPI kotvu katalyzuje GPI transamidáza obsahuje jednu mastnou kyselinu.
Sfingomyelin má jako polární skupinu oligosacharid fosfoserin fosfatidylcholin alkohol.
Ve tvorbě COP II váčků se uplatňuje málý GTP-vazebný protein Ras Rab Sar1 Ran.
Jak se tvoří COPII váčky Vazba na G protein ARF a asociace s koatomerem Vazba na Sar1, pak navázání Sec23, Sec24, Sec31, Sec13 Skládání triskelionů a odštěpení dynaminem.
Transport proteinů do ER solubilní proteiny mají KDEL sekvenci membránové proteiny mají KKXX sekvenci.
Choleratoxin vstupuje do buněk tenkého střeva receptorem zprostředkovanou endocytózou způsobuje otevření Ca2+ kanálů aktivuje adenylát cyklázu rozeznává membránové sfingolipidy.
Onkogeny vznik změnou exprese nebo jinou změnou protoonkogenů transformace genů pro proteiny ovlivňující růst a diferenciaci buněk je to dominantní změna mohou být buněčné nebo virové.
Charakteristika nádorové transformace in vivo, buňky mají schopnost růst i bez podkladu mají neomezený replikační potenciál ztráta kontaktní aktivace zvýšení závislosti na růstových faktorech.
Nenasycené mastné kyseliny v membráně zvyšují rigiditu snižují rigiditu zvyšují teplotu přechodu z tekuté do tuhé fáze.
Palmitoylová kotva vazba přes C-konec vazba přes N-konec na cystein vazba přes SH skupinu cysteinu orientace intracelulárně vazba na N konec na glycinu.
Špatně sbalené proteiny v ER zůstávají v ER váže se na ně kalretikulin a kalcineurin jsou odbourávány ERAD dráhou jsou degradovány proteázami sídlícími v ER.
Co určuje orientaci N a C konce při transkripci do membrány ER? Sekvence kladně nabitých aminokyselin Sekvence bohatá na Lys a Arg Speciální orientaci určující sekvence (ODS)bohatá na val a leu. Sekvence bohatá na Tyr a Trp Sekvence Lys, Arg.
F1 podjednotka bakteriální ATP-syntázy je tvořena podjednotkami a, b, c je tvořena podjednotkami alfa, beta, gama, delta a epsilon v poměru 1:1:1:3:3 je statorem je rotorem.
Inhibitor splývání váčků pomocí v a t snare Botulotoxin Aflatoxin Tetanotoxin Ricin Schigellatoxin.
Protein c-myc je transkripční faktor s homeodoménou vázající je transkripční faktor s motivem helix-loop-helix (hlh) vázajícím DNA mutace v něm je specifická pro gliomy mutace v něm je specifická pro karcinom tlustého střeva jeho aktivace je nutná pro inhibici terminální diferenciace buněk reguluje přechod G2/M.
Protein pRb je tumorsupresor je protoonkogen je regulován fosforylací je regulován degradací je to tumorový represor .
Při apoptóze dojde uvolnění cytochromu c z mitochondrií dojde k rozpadu laminů na dimery a disociaci jaderné membrány dojde k lyzi buňky ATP syntáza se točí opačně a na úkor ATP tvoří protonový gradient .
Tvorba disulfidických můstků probíhá pouze v lumen je mezi sírami cysteinů a methioninů probíhá pomocí disulfid izomerázy (PDI) oxidace dvou SH skupin cysteinů.
Thioredoxin je enzym, který udržuje v lumen ER redoxní stav udržuje v cytoplazmě cysteiny v SH formě – redukční prostředí cytosolu obsahuje cxxc motiv má sekvenci gly-cys-glu ma SH skupiny schopne prechazet z redukovaneho nebo oxidovaneho stavu tvoří disulfidické mustky, S-S.
Přenos signálu fosforylací Sterická interference s vazbou substrátu nebo ligandu Vytvoření vazebného místa Změna konformace Změna lokalizace .
Fosforylace na tyrozinu způsobuje signalizaci především vytvořením nového vazebného místa způsobuje signalizaci především sterickou interferencí k jejímu rozvoji dochází se vznikem mnohobuněčnosti není u prokaryot a nižších eukaryot u prokaryot a jednobuněčných eukaryot je vzácná.
SH2 doména interaguje s tyrozin kinázami interaguje se ser/thr kinázami je DNA vazebný protein zprostředkovává protein-proteinové interakce rozpoznává fosfotyrosin v určité AA sekvenci rozpoznává fosfoserin v určité AA sekvenci.
Jak rakovinná buňka řeší soběstačnost na růstových faktorech sama si je tvoří vytváří více receptorů pro růstový faktor mutací vytvoří neustále aktivní receptor donutí buňky nádorového stromatu syntetizovat růstové faktory.
Lipidy se podílejí na sortingu do váčků, který z nich hlavně cholesterol sfingozin fosfatidylinozitol fosfatidylethanolamin fosfatidylcholin.
Palmitoylová kotva vazba na glycin na N-konci vazba na serin na C konci na SH skupinu cysteinu je striktně extracelulární .
GPI kotva je v intracelulárním prostoru skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, N-acetylglukosaminu, fosfoethanolaminu proteiny se na ni připojují na její N-konec proteiny na ni připojuje GPI-transamidáza skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, glukosaminu, fosfoethanolaminu.
Na diagramu hydrofobicity je 7 hydrofobních oblastí, jedná se nejspíše o adenylát cyklázu Na/K pumpu ABC transportér glukózový transportér napěťově ovládaný iontový kanál receptor pro acetylcholin muskarinového typu bakteriorhodopsin.
Jaká redoxní centra jsou v komplexu III Rieskeho protein s Fe-S centrem, cytochrom bH a bL, c1 (Hem) NADH a FAD cytochrom c, cyochrom a a1 centra s Cu.
Laminy lamin A a B vznikají z 1 transkriptu vyskytují se u všech eukaryot lamin B není v embryonálních buňkách mají na c konci izoprenylovou kotvu.
Jaderný pór skládá se z nukleoporinů brání volné difúzi proteinů větších než 40 kDa tvoří místo kontaktu vnější a vnitřní membrány jeho prostřednictvím je propojena vnitřní a vnější membrána.
Importin beta váže náklad s GTP-Ran váže náklad s GDP-Ran váže náklad v nepřítomnosti Ran-GTPázy potřebuje k transportu importin alfa .
Peroxizom obsahuje metabolismus mastných kyselin s dlouhým řetězcem nevzniká de novo, pouze dělením již existujících organel jako mitochondrie může vznikat de novo pučením z ER.
Čím se vyznačuje transport do peroxizomů Signální sekvence je na N-konci Signální sekvence je na C-konci Transportován už je složený protein Signální sekvence je ser-lys-leu Transportují se proteiny v nativní konformaci Směrovací sekvence je SKL.
Transport glukózy ze střeva na apikální straně probíhá usnadněnou difúzí přes glukózový transportér na apikální straně probíhá antiportem s Na+ na apikální straně probíhá symportem s K+ nepotřebuje přenašeče, probíhá samovolně difusí.
Jak vypadá transportní systém TOM Tom 40, Tom 22, Tom 5, Tom 6, Tom 7, Tom 70 Tom 40, Tom 22, Sam 50 Tomy a Oxa 1 Tomy a Sec61 .
SRP částice je heterotrimer proteinů je ribonukleoprotein tvořený RNA a šesti proteiny p54 je důležitý pro rozeznání cílové sekvence RNA je dlouhá 492 bází slouží k transportu proteinů do ER.
Transport do mezimembránového prostoru mitochodrií Probíhá přes TOM a pomocí MIA složení SS můstků Přes TOM a TIM, pak ustřižení intermembránové domény složení už cytosolu a pak transport přes SAM do matrix, tam složení a přes Oxa1 ven.
Kolik molekul ATP dostanu z 1 pyruvátu vstupujícího do matrix za aerobních podmínek 30 36 12,5 18.
Recyklace snare proteinů probíhá pomocí aaa-proteázy a snare jsou následně degradovány proteolýzou zamotané v- a t- snare jdou až do lysozomu, kde jsou rozložené v-snare je retrográdním transportem vráceno na původní membránu pro regeneraci SNARE je třeba GTP.
Váčky COP II jsou v retrográdním transportu klathrinové jsou v endocytóze COP I v anterográdním transportu COP I využívají GTPázu ARF1.
Na přechodu proteinu mezi membránou a vodným prostředím se vyskytují tyto aminokyseliny tyr a trp met a cys val a leu asp a glu.
O-glykosylace probíhá na vnitřní ER membráně cukry jsou vázány na OH-skupinu Ser a Thr prekurzory jsou fosforylované monosacharidy výjimečně může být glykosylován hydroxylysin.
Laminy A a B se vytváří alternativním sestřihem B není u embryí na C-konci jsou isoprenylovány A a C se vytváří alternativním sestřihem jsou tvořeny přikládáním hexamerů k membráně .
Sfingolipidy Skládají se ze sfingosinu, přes hydroxylovou skupinu navázané mastné kyseliny a přes amino skupinu polární část (cukr nebo např fosfocholin) Skládají se ze sfingosinu, přes amino skupinu navázané mastné kyseliny a přes hydroxylovou skupinu polární část (cukr nebo např fosfocholin) Ceramid je prekurzor sfingolipidů, za X má navázán jen H Sfingosin má dlouhý řetězec s až 90 C.
Fosfolipázy A1 a A2 štěpí MK na prvním a druhém uhlíku B štěpí polární skupinu vč. fosfátu C štěpí MK bez rozdílu D štěpí polární skupinu bez fosfátu.
Cholesterol Polární část tvoří karboxylová skupina Zvyšuje rigiditu membrán Společně se sfingolipidy se vyskytuje v membránových raftech Stejně jako fosfatidylserin se vyskytuje hlavně ve vnějším listu membrány.
Interakce proteinů s fosfolipidovou dvojvrstvou je přes α-helix, z asi 12 polárních AK β-skládaný list, střídají se polární a bazické AK β-barel, antiparalelní listy.
GPI kotva Skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, N-acetylglukosaminu, fosfoethanolaminu Váže proteiny na C-konec Vyskytuje se ve vnějším listu PM. Na protein připevněna GPI transamidázou.
Glukózový transporter 10x prochází přes membránu α-helixy tvořeny neuspořádaně z polárních a hydrofobních AK Regulován insulinem kovalentní modifikací.
Savčí mt genom (lidský) Kóduje (má geny pro) 13 mitochondriálních proteinů, 22 tRNA a 2 rRNA Obsahuje asi 16,5 kbp Společně s proteiny tvoří nukleoidy Kóduje jen některé podjednotky oxfos.
Při apoptóze Se rozpadá jaderná lamina Se z mitochondrie uvolní kaspáza 9 Dochází k vylití buněčného obsahu do ECM Je zastavena činnost ATP syntázy.
Transport do ER Kotranslační i posttranslační Do lumen signální sekvence obsahující hlavně AK leucin Přes Sec61, což je porin Pro transport je nezbytná SRP.
Peroxisomy Signální sekvence SKL Signální sekvence KDEL Proteiny transportovány nesbalené pomocí chaperonů V rostlinách jsou modifikované na glyoxysomy Transportovány proteiny v nativní konformaci β-oxidace dlouhých MK.
Snare proteiny po splynutí váčku Jsou rozpleteny AAA proteázou V- snare se retrográdním transportem vrací Jsou degradovány v lysozomu Jsou výhradně transmembránové.
Ran GTPáza V jádře ve formě Ran-GDP V cytosolu ve formě Ran-GTP GEF je na cytosolické straně póru GAP je asociuje s euchromatinem.
Transport RNA z jádra Pouze export, nikdy ne import Závislý na Ran GTPáze RNA exportováno ve formě ribozomálních podjednotek Export mRNA funkčně propojen se sestřihovými faktory.
Kinázy Aktivační smyčka po fosforylaci brání navázání substrátu Aktivační smyčka po fosforylaci umožňuje navázání substrátu Aktivační smyčka se nachází v C-koncové α-helixové doméně Aktivační smyčka se nachází v C-koncové β-listové doméně.
Vazba ubiquitinu, SUMO a NEDD8 Vede k degradaci Vážou se přes S-S vazbu Vážou se peptidickou vazbou Vážou se autokatalyticky.
Proteolýza Je nevratná modifikace Vede výhradně k degradaci Uplatňuje se v Notch signalizaci Katalyzována Calpainem (Ca dependentní).
Produkce Ca2+ je spuštěna cAMP IP3 cGMP cADPR.
p53 Je transkripční faktor Je tumor supresor Je inhibován fosforylací Je inhibován degradací .
Nádorové stroma Jsou vlastní nádorové buňky Jsou ostatní buňky nádoru Slouží k výživě a transportu nádorových buněk Například fibroblasty a imunitní buňky.
Proti nádoru působí Vrozená imunita Přirozené imunita.
Sirtuiny účastní se regulace metabolismu mají deacetylázovou aktivitu operují na Lysinu jsou závislé na NAD+.
Dávivý kašel Černý kašel Bordetella pertussis AB5 toxin Escherichia coli.
Acetylcholinový receptor muskarinového typu spojen s trimérním G-proteinem .
Kde se nacházejí jaké ionty popř. v jakém množství Na je více v extracelulárním prostoru K je méně v extracelulárním prostoru Ca je více v extracelulárním prostoru Cl je v buňce 116 mmol.
AAA proteázy jen u eukaryot degradace transmembránových mitochondriálních proteinů většinou tvoří hexamery uspořádané do kruhu s centrálním porem spotřebovávají ATP, dochází k jejich konformačním změnám.
Cytokinové receptory dimerizují po navázání ligandu jsou hlavně tyrosinové fosforylují STAT faktory asociovány s kinázami JAK.
Nádorové supresory zabraňují abnormální proliferaci a přenosu poškozené genetické informace inaktivace má recesivní charakter inaktivace má dominantní charakter jejich inaktivace způsobí ztrátu kontrolního mechanizmu.
N-glykosylace oligosacharidový prekurzor je (GluNAc)2(Man)9(Glu)3 inhibitorem je tunikamycin probíhá nejprve na dolicholu, což je aminoalkohol podobný sfingosinu s dlouhým řetězcem.
Steroidní receptory Po vazbě na PM aktivují kinázy Po vazbě v cytoplazmě se translokují do jádra, kde regulují transkripci Jsou to transkripční faktory Váží steroidní hormony jako je tyroxin a kyselina retinová.
|
