FyzioBuňky

Steroidní receptory. intracelulární receptory. extracelulární receptory. jejich ligandy jsou lipofilní povahy. vstupují do jádra.

Fosforylace. probíhá pouze na hydroxylovaných AMK. probíhá pomocí kináz. fosforylovanými AK jsou například tyrosin, serin, threonin. probíhá pomocí fosfatáz.

TGF beta receptory. aktivují Smad fosforylací. interakce s receptory heterotertamery nebo heteropentamery RI, RII, RIII. jsou intracelulární. aktivují spřažené Ser/Thr kinázy.

P-pumpy. jsou pouze v plazmatické membráně. inhibitorem je vanadát. P doména je kovalentně modifikována. N doména je kovalentně modifikována na Arg 351.

Úloha mitochondrií při apoptóze. uvolnění cytochromu c. aktivuje TRADD dráhu apoptózy. interaguje s Fas receptorem. dalšími molekulami uvolněnými z mitochondrie jsou Smac, AIF, endonukleáza G.

SS můstky v ER. vznikají pouze v ER. mohou se přestavovat pomocí enzymu. jsou mezi sírou aminokyselin cysteinu a methioninu. vznikají mezi atomy síry aminokyseliny cysteinu.

V intermembránovém prostoru mitochondrie je. cytochrom c. apoptózu indukující faktor. adenylát kináza. kreatin kináza.

Scrambláza. ruší asymetrii membárny přehazování fosfatidylserinu do vnější membrány. má úlohu v apoptóze. je aktivovaná ROS. patří mezi flopázy.

Signál pro transport. do endoplazmatického retikula je KDEL. M6P se upravuje v cis Golgi. proteiny cílené na membránu mají sekvenci se dvěma kyselinami (Asp-X-Glu). do lysozomu je Mannosa-6-P.

Zellwegerův syndrom. mutace v genech pro peroxiny. autozomálně dominantní onemocnění. v buňce se akumulují dlouhé řetězce mastných kyselin. způsobuje orgánové poruchy (hlavně mozek, játra, ledviny).

Na likvidaci ROS se podílí tyto enzymy. superoxid dismutáza. superoxid reduktáza. glutathion reduktáza. kataláza.

Mitochondiální savčí genom. má 16 504 bp. kóduje 13 proteinů, 22 genů pro tRNA a 2 rRNA. v matrix jsou rozmístěny stovky kopií genomu. kóduje některé podjednotky OXFOS a Krebsova cyklu.

Hydrogenozom. má v sobě poslední 3 enzymy glykolýzy. je u čeledi trypanosomidae. způsobuje přeměnu H+ na H. má svoji vlastní DNA.

Bakteriorhodopsin. světlem poháněná protonová pumpa. obsahuje aldehyd retinal, který ovlivňuje cis trans konformaci proteinu. tvoří dimer. má 7 alfa transmembránových helixů.

V savčím mitochondriálním genomu je pro komplex III kódována. žádná podjednotka. 1 podjednotka. 2 podjednotky. 3 podjednotky.

Glukóza je přenášena přes apikální stranu buněk tenkého střeva - translokátorem. antiportem s K+. pasivně symportem s Na+. difuzí, není potřeba přenašeč. aktivně antiportem s Na+. aktivně symportem s K+. sekundárně aktivním symportem s Na+.

ABC přenašeče. přenášejí jen malé hydrofóbní molekuly. jen ionty. jen velké molekuly a peptidy. všechno od iontů po peptidy.

Inhibitorem Na+/K+ ATPázy je. digitoxin. rotenon. ouabain. kurare.

Při apoptóze dochází k. rozpadu jaderné laminy a disociace jádra. vylití cytochromu c z matrix mitochondrie. vylití cytochromu c do cytoplazmy. zastavení ATP syntázy.

V endoplazmatickém retikulu probíhají posttranslační modifikace. fosforylace. glykosylace. proteolýza. oligomerizace.

Pro transport proteinů do ER platí. je nutná SRP. signální sekvence je na N konci. je výhradně kotranslační. signální sekvence obsahuje hlavně aminokyselinu Leucin.

Transport do mitochondrií. signální sekvence je na N- konci. signální sekvence může být na N konci nebo uprostřed sekvence. signální sekvence není odštěpena a zůstává součástí proteinu. složení signálních sekvencí záleží na cílovém umístění proteinů.

Export RNA z jádra. je Ran nezávislý. rRNA vychází ve formě sbalených podjednotek ribozomů. probíhá pouze export RNA z jádra, nikoliv import do jádra. probíhá pomocí importinů.

Jaderná membrána. je dvojitá a vnější a vnitřní membrána jsou propojeny jadernými póry. obě membrány jsou propojeny s lumen endoplazmatického retikula. vnější membrána přechází v membránu endoplazmatického retikula. během savčí replikace se nerozpadá.

Prostor mezi membránami jádra je nazýván. perinukleární. periplazmatický.

Vnitřní organizace jádra. je členěná fosfolipidovou membránou. není členěná fosfolipidovou membránou. uprostřed jádra je euchromatin.

GPI kotva. je extracelulární. je připojena na N-konec proteinu. přenos proteinu na GPI kotvu katalyzuje GPI transamidáza. obsahuje jednu mastnou kyselinu.

Sfingomyelin má jako polární skupinu. oligosacharid. fosfoserin. fosfatidylcholin. alkohol.

Ve tvorbě COP II váčků se uplatňuje málý GTP-vazebný protein. Ras. Rab. Sar1. Ran.

Jak se tvoří COPII váčky. Vazba na G protein ARF a asociace s koatomerem. Vazba na Sar1, pak navázání Sec23, Sec24, Sec31, Sec13. Skládání triskelionů a odštěpení dynaminem.

Transport proteinů do ER. solubilní proteiny mají KDEL sekvenci. membránové proteiny mají KKXX sekvenci.

Choleratoxin. vstupuje do buněk tenkého střeva receptorem zprostředkovanou endocytózou. způsobuje otevření Ca2+ kanálů. aktivuje adenylát cyklázu. rozeznává membránové sfingolipidy.

Onkogeny. vznik změnou exprese nebo jinou změnou protoonkogenů. transformace genů pro proteiny ovlivňující růst a diferenciaci buněk. je to dominantní změna. mohou být buněčné nebo virové.

Charakteristika nádorové transformace in vivo, buňky. mají schopnost růst i bez podkladu. mají neomezený replikační potenciál. ztráta kontaktní aktivace. zvýšení závislosti na růstových faktorech.

Nenasycené mastné kyseliny v membráně. zvyšují rigiditu. snižují rigiditu. zvyšují teplotu přechodu z tekuté do tuhé fáze.

Palmitoylová kotva. vazba přes C-konec. vazba přes N-konec na cystein. vazba přes SH skupinu cysteinu. orientace intracelulárně. vazba na N konec na glycinu.

Špatně sbalené proteiny v ER. zůstávají v ER. váže se na ně kalretikulin a kalcineurin. jsou odbourávány ERAD dráhou. jsou degradovány proteázami sídlícími v ER.

Co určuje orientaci N a C konce při transkripci do membrány ER?. Sekvence kladně nabitých aminokyselin. Sekvence bohatá na Lys a Arg. Speciální orientaci určující sekvence (ODS)bohatá na val a leu. Sekvence bohatá na Tyr a Trp. Sekvence Lys, Arg.

F1 podjednotka bakteriální ATP-syntázy. je tvořena podjednotkami a, b, c. je tvořena podjednotkami alfa, beta, gama, delta a epsilon v poměru 1:1:1:3:3. je statorem. je rotorem.

Inhibitor splývání váčků pomocí v a t snare. Botulotoxin. Aflatoxin. Tetanotoxin. Ricin. Schigellatoxin.

Protein c-myc. je transkripční faktor s homeodoménou vázající. je transkripční faktor s motivem helix-loop-helix (hlh) vázajícím DNA. mutace v něm je specifická pro gliomy. mutace v něm je specifická pro karcinom tlustého střeva. jeho aktivace je nutná pro inhibici terminální diferenciace buněk. reguluje přechod G2/M.

Protein pRb. je tumorsupresor. je protoonkogen. je regulován fosforylací. je regulován degradací. je to tumorový represor.

Při apoptóze. dojde uvolnění cytochromu c z mitochondrií. dojde k rozpadu laminů na dimery a disociaci jaderné membrány. dojde k lyzi buňky. ATP syntáza se točí opačně a na úkor ATP tvoří protonový gradient.

Tvorba disulfidických můstků. probíhá pouze v lumen. je mezi sírami cysteinů a methioninů. probíhá pomocí disulfid izomerázy (PDI). oxidace dvou SH skupin cysteinů.

Thioredoxin je enzym, který. udržuje v lumen ER redoxní stav. udržuje v cytoplazmě cysteiny v SH formě – redukční prostředí cytosolu. obsahuje cxxc motiv. má sekvenci gly-cys-glu. ma SH skupiny schopne prechazet z redukovaneho nebo oxidovaneho stavu. tvoří disulfidické mustky, S-S.

Přenos signálu fosforylací. Sterická interference s vazbou substrátu nebo ligandu. Vytvoření vazebného místa. Změna konformace. Změna lokalizace.

Fosforylace na tyrozinu. způsobuje signalizaci především vytvořením nového vazebného místa. způsobuje signalizaci především sterickou interferencí. k jejímu rozvoji dochází se vznikem mnohobuněčnosti. není u prokaryot a nižších eukaryot. u prokaryot a jednobuněčných eukaryot je vzácná.

SH2 doména. interaguje s tyrozin kinázami. interaguje se ser/thr kinázami. je DNA vazebný protein. zprostředkovává protein-proteinové interakce. rozpoznává fosfotyrosin v určité AA sekvenci. rozpoznává fosfoserin v určité AA sekvenci.

Jak rakovinná buňka řeší soběstačnost na růstových faktorech. sama si je tvoří. vytváří více receptorů pro růstový faktor. mutací vytvoří neustále aktivní receptor. donutí buňky nádorového stromatu syntetizovat růstové faktory.

Lipidy se podílejí na sortingu do váčků, který z nich hlavně. cholesterol. sfingozin. fosfatidylinozitol. fosfatidylethanolamin. fosfatidylcholin.

Palmitoylová kotva. vazba na glycin na N-konci. vazba na serin na C konci. na SH skupinu cysteinu. je striktně extracelulární.

GPI kotva. je v intracelulárním prostoru. skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, N-acetylglukosaminu, fosfoethanolaminu. proteiny se na ni připojují na její N-konec. proteiny na ni připojuje GPI-transamidáza. skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, glukosaminu, fosfoethanolaminu.

Na diagramu hydrofobicity je 7 hydrofobních oblastí, jedná se nejspíše o. adenylát cyklázu. Na/K pumpu. ABC transportér. glukózový transportér. napěťově ovládaný iontový kanál. receptor pro acetylcholin muskarinového typu. bakteriorhodopsin.

Jaká redoxní centra jsou v komplexu III. Rieskeho protein s Fe-S centrem, cytochrom bH a bL, c1 (Hem). NADH a FAD. cytochrom c, cyochrom a a1. centra s Cu.

Laminy. lamin A a B vznikají z 1 transkriptu. vyskytují se u všech eukaryot. lamin B není v embryonálních buňkách. mají na c konci izoprenylovou kotvu.

Jaderný pór. skládá se z nukleoporinů. brání volné difúzi proteinů větších než 40 kDa. tvoří místo kontaktu vnější a vnitřní membrány. jeho prostřednictvím je propojena vnitřní a vnější membrána.

Importin beta. váže náklad s GTP-Ran. váže náklad s GDP-Ran. váže náklad v nepřítomnosti Ran-GTPázy. potřebuje k transportu importin alfa.

Peroxizom. obsahuje metabolismus mastných kyselin s dlouhým řetězcem. nevzniká de novo, pouze dělením již existujících organel jako mitochondrie. může vznikat de novo pučením z ER.

Čím se vyznačuje transport do peroxizomů. Signální sekvence je na N-konci. Signální sekvence je na C-konci. Transportován už je složený protein. Signální sekvence je ser-lys-leu. Transportují se proteiny v nativní konformaci. Směrovací sekvence je SKL.

Transport glukózy ze střeva. na apikální straně probíhá usnadněnou difúzí přes glukózový transportér. na apikální straně probíhá antiportem s Na+. na apikální straně probíhá symportem s K+. nepotřebuje přenašeče, probíhá samovolně difusí.

Jak vypadá transportní systém TOM. Tom 40, Tom 22, Tom 5, Tom 6, Tom 7, Tom 70. Tom 40, Tom 22, Sam 50. Tomy a Oxa 1. Tomy a Sec61.

SRP částice. je heterotrimer proteinů. je ribonukleoprotein tvořený RNA a šesti proteiny. p54 je důležitý pro rozeznání cílové sekvence. RNA je dlouhá 492 bází. slouží k transportu proteinů do ER.

Transport do mezimembránového prostoru mitochodrií. Probíhá přes TOM a pomocí MIA složení SS můstků. Přes TOM a TIM, pak ustřižení intermembránové domény. složení už cytosolu a pak transport přes SAM. do matrix, tam složení a přes Oxa1 ven.

Kolik molekul ATP dostanu z 1 pyruvátu vstupujícího do matrix za aerobních podmínek. 30. 36. 12,5. 18.

Recyklace snare proteinů. probíhá pomocí aaa-proteázy a snare jsou následně degradovány proteolýzou. zamotané v- a t- snare jdou až do lysozomu, kde jsou rozložené. v-snare je retrográdním transportem vráceno na původní membránu. pro regeneraci SNARE je třeba GTP.

Váčky. COP II jsou v retrográdním transportu. klathrinové jsou v endocytóze. COP I v anterográdním transportu. COP I využívají GTPázu ARF1.

Na přechodu proteinu mezi membránou a vodným prostředím se vyskytují tyto aminokyseliny. tyr a trp. met a cys. val a leu. asp a glu.

O-glykosylace. probíhá na vnitřní ER membráně. cukry jsou vázány na OH-skupinu Ser a Thr. prekurzory jsou fosforylované monosacharidy. výjimečně může být glykosylován hydroxylysin.

Laminy. A a B se vytváří alternativním sestřihem. B není u embryí. na C-konci jsou isoprenylovány. A a C se vytváří alternativním sestřihem. jsou tvořeny přikládáním hexamerů k membráně.

Sfingolipidy. Skládají se ze sfingosinu, přes hydroxylovou skupinu navázané mastné kyseliny a přes amino skupinu polární část (cukr nebo např fosfocholin). Skládají se ze sfingosinu, přes amino skupinu navázané mastné kyseliny a přes hydroxylovou skupinu polární část (cukr nebo např fosfocholin). Ceramid je prekurzor sfingolipidů, za X má navázán jen H. Sfingosin má dlouhý řetězec s až 90 C.

Fosfolipázy. A1 a A2 štěpí MK na prvním a druhém uhlíku. B štěpí polární skupinu vč. fosfátu. C štěpí MK bez rozdílu. D štěpí polární skupinu bez fosfátu.

Cholesterol. Polární část tvoří karboxylová skupina. Zvyšuje rigiditu membrán. Společně se sfingolipidy se vyskytuje v membránových raftech. Stejně jako fosfatidylserin se vyskytuje hlavně ve vnějším listu membrány.

Interakce proteinů s fosfolipidovou dvojvrstvou je přes. α-helix, z asi 12 polárních AK. β-skládaný list, střídají se polární a bazické AK. β-barel, antiparalelní listy.

GPI kotva. Skládá se z fosfatidylinositolu, 4 manóz, N-acetylglukosaminu, fosfoethanolaminu. Váže proteiny na C-konec. Vyskytuje se ve vnějším listu PM. Na protein připevněna GPI transamidázou.

Glukózový transporter. 10x prochází přes membránu. α-helixy tvořeny neuspořádaně z polárních a hydrofobních AK. Regulován insulinem kovalentní modifikací.

Savčí mt genom (lidský). Kóduje (má geny pro) 13 mitochondriálních proteinů, 22 tRNA a 2 rRNA. Obsahuje asi 16,5 kbp. Společně s proteiny tvoří nukleoidy. Kóduje jen některé podjednotky oxfos.

Při apoptóze. Se rozpadá jaderná lamina. Se z mitochondrie uvolní kaspáza 9. Dochází k vylití buněčného obsahu do ECM. Je zastavena činnost ATP syntázy.

Transport do ER. Kotranslační i posttranslační. Do lumen signální sekvence obsahující hlavně AK leucin. Přes Sec61, což je porin. Pro transport je nezbytná SRP.

Peroxisomy. Signální sekvence SKL. Signální sekvence KDEL. Proteiny transportovány nesbalené pomocí chaperonů. V rostlinách jsou modifikované na glyoxysomy. Transportovány proteiny v nativní konformaci. β-oxidace dlouhých MK.

Snare proteiny po splynutí váčku. Jsou rozpleteny AAA proteázou. V- snare se retrográdním transportem vrací. Jsou degradovány v lysozomu. Jsou výhradně transmembránové.

Ran GTPáza. V jádře ve formě Ran-GDP. V cytosolu ve formě Ran-GTP. GEF je na cytosolické straně póru. GAP je asociuje s euchromatinem.

Transport RNA z jádra. Pouze export, nikdy ne import. Závislý na Ran GTPáze. RNA exportováno ve formě ribozomálních podjednotek. Export mRNA funkčně propojen se sestřihovými faktory.

Kinázy. Aktivační smyčka po fosforylaci brání navázání substrátu. Aktivační smyčka po fosforylaci umožňuje navázání substrátu. Aktivační smyčka se nachází v C-koncové α-helixové doméně. Aktivační smyčka se nachází v C-koncové β-listové doméně.

Vazba ubiquitinu, SUMO a NEDD8. Vede k degradaci. Vážou se přes S-S vazbu. Vážou se peptidickou vazbou. Vážou se autokatalyticky.

Proteolýza. Je nevratná modifikace. Vede výhradně k degradaci. Uplatňuje se v Notch signalizaci. Katalyzována Calpainem (Ca dependentní).

Produkce Ca2+ je spuštěna. cAMP. IP3. cGMP. cADPR.

p53. Je transkripční faktor. Je tumor supresor. Je inhibován fosforylací. Je inhibován degradací.

Nádorové stroma. Jsou vlastní nádorové buňky. Jsou ostatní buňky nádoru. Slouží k výživě a transportu nádorových buněk. Například fibroblasty a imunitní buňky.

Proti nádoru působí. Vrozená imunita. Přirozené imunita.

Sirtuiny. účastní se regulace metabolismu. mají deacetylázovou aktivitu. operují na Lysinu. jsou závislé na NAD+.

Dávivý kašel. Černý kašel. Bordetella pertussis. AB5 toxin. Escherichia coli.

Acetylcholinový receptor muskarinového typu. spojen s trimérním G-proteinem.

Kde se nacházejí jaké ionty popř. v jakém množství. Na je více v extracelulárním prostoru. K je méně v extracelulárním prostoru. Ca je více v extracelulárním prostoru. Cl je v buňce 116 mmol.

AAA proteázy. jen u eukaryot. degradace transmembránových mitochondriálních proteinů. většinou tvoří hexamery uspořádané do kruhu s centrálním porem. spotřebovávají ATP, dochází k jejich konformačním změnám.

Cytokinové receptory. dimerizují po navázání ligandu. jsou hlavně tyrosinové. fosforylují STAT faktory. asociovány s kinázami JAK.

Nádorové supresory. zabraňují abnormální proliferaci a přenosu poškozené genetické informace. inaktivace má recesivní charakter. inaktivace má dominantní charakter. jejich inaktivace způsobí ztrátu kontrolního mechanizmu.

N-glykosylace. oligosacharidový prekurzor je (GluNAc)2(Man)9(Glu)3. inhibitorem je tunikamycin. probíhá nejprve na dolicholu, což je aminoalkohol podobný sfingosinu s dlouhým řetězcem.

Steroidní receptory. Po vazbě na PM aktivují kinázy. Po vazbě v cytoplazmě se translokují do jádra, kde regulují transkripci. Jsou to transkripční faktory. Váží steroidní hormony jako je tyroxin a kyselina retinová.