Genové inženýrství

Aktivita DNA polymerázy I. 5 -> 3 exo, 3 -> 5 exo, polymerační. pouze polymerační. pouze 3 -> 5 exo. 5 -> 3 exo, 3 -> 5 exo.

Aktivita Klenowova Fragmentu (DNA pol I). 5 -> 3 exo, 3 -> 5 exo, polymerační. pouze 3 -> 5. 3 -> 5 exo a polymerační (5 -> 3). 5 -> 3 exo, 3 -> 5 exo.

Aktivita T4 DNA polymerázy. 3 -> 5 exo a polymerační (5 -> 3). pouze 5 -> 3 exo. pouze 3 -> 5 exo. polymerační.

Aktivita sekvenázy. pouze polymerace. 3 -> 5 exo, 5 -> 3 exo a polymerační. pouze 3 -> 5 exo. 3 -> 5 exo, 5 -> 3 exo.

Využití DNA polymerázy I. nick translation, syntéza komplementárního vlákna při RT. random primer extension,syntéza komplementárního vlákna při RT. úprava a značení konců. sekvenování.

Využití Klenowova fragmentu. nick translation, syntéza komplementárního vlákna při RT. random primer extension,syntéza komplementárního vlákna při RT. random primer extension, úprava a značení konců, mutageneze in vitro. mutageneze in vitro, sekvenování.

Využití T4 DNA polymerázy. mutageneze in vitro, syntéza komplementárního vlákna při RT. random primer extension,. úprava a značení konců, mutageneze in vitro. sekvenování.

Využití T7 DNA polymerázy. mutageneze in vitro. úprava a značení konců. úprava a značení konců, mutageneze in vitro. sekvenování.

Využití sekvenázy. nick translation, mutageneze in vitro. syntéza komplementárního vlákna při RT. úprava a značení konců, mutageneze in vitro. sekvenování.

DNáza I (deoxyribonukleáza I). štěpí ss / ds DNA. pouze dsDNA. aktivována Ca2+, koaktivována Mg2+ a Mn2+. tvoří 5 fosfo mono / di / tri nukleotidy. tvoří 3 fosfo mono / di / tri nukleotidy. stabilní v 60°C po 6 hodin. endonukleáza. exonukleáza. neštěpí i proti utajeným přerušením.

Benzonáza. štěpí ss / ds DNA i RNA. štěpí ss / ds DNA. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. preference GC oblastí. stabilní v 100°C. vznikají 3 fosfomononukleotidy a 3 fosfooligonukleotidy. endonukleáza. endo a exo nukleáza. štěpí i proti utajeným přerušením.

mikrokokální nukleáza (S7 nukleáza). endo a exo nukleáza. endonukleáza. ss / ds DNA i RNA. ss DNA / RNA. preference AT (AU) bohaté oblasti. aktivována Mg2+ , Ca2+. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. vznikají 3 fosfomononukleotidy a 3 fosfooligonukleotidy. štěpí i proti utajeným přerušením. neštěpí i proti utajeným přerušením.

Nukleáza S1. štěpí ss DNA / RNA. štěpí ss DNA. aktivována Zn2+ a / či Ca2+. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. vznikají 3 fosfomononukleotidy a 3 fosfooligonukleotidy. štěpí i proti utajeným přerušením. exonukleáza. endonukleáza. neštěpí i proti utajeným přerušením.

Nukleáza P1. štěpí ss DNA / RNA. štěpí ss DNA. aktivována Zn2+. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. vznikají 3 fosfomononukleotidy a 3 fosfooligonukleotidy. neštěpí i proti utajeným přerušením. exonukleáza. endonukleáza. stabilní v 60°C po 6 hodin. štěpí i proti utajeným přerušením.

RE I. ze tří podjednotek (R, M a S). ze dvou podjednotek (R a M). vyžaduje ATP, AdoMet a Mg2+. vyžaduje GTP a Mg2+.

RE III. ze tří podjednotek (R, M a S). ze dvou podjednotek (R a M). vyžaduje ATP a Mg2+. vyžaduje GTP a Mg2+. k restrikci jsou potřeba všechny podjednotky.

RE III. ze tří podjednotek (R, M a S). ze dvou podjednotek (R a M). vyžaduje ATP a Mg2+. vyžaduje pouze Mg2+. k restrikci jsou potřeba všechny podjednotky.

RE II. z jedné či dvou podjednotek. ze dvou podjednotek (R a M). vyžaduje ATP a Mg2+. vyžaduje GTP. vyžaduje pouze Mg2+.

Mung Bean. exonukleáza. endo i exonukleáza. ss / ds DNA / RNA. ss /ds DNA. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. vznikají 3 fosfomononukleotidy a 3 fosfooligonukleotidy. preference štěpení za A, T; a od 5' konce. zatupování DNA pouze je-li poslední GC. zatupování DNA.

Bal31. preferenčně exonukleáza. endonukleázová aktivita na ssDNA. ss / ds DNA / RNA. ss /ds DNA. zkracování dsDNA od konců. mutageneze. vznikají 5 fosfomononukleotidy a 5 fosfooligonukleotidy. 5 -> 3 exo na ssDNA a 3 -> 5 exo na dsDNA. 5 -> 3 exo na dsDNA a 3 -> 5 exo na ssDNA.

Exo III. exonukleáza (3 - > 5). endonukleázová aktivita na ssDNA. ss / ds DNA / RNA. ds DNA. vznikají 3 přesahující konce. vznikají 5 přesahující konce. 5 -> 3 exo na ssDNA a 3 -> 5 exo na dsDNA.

Klenowův fragment (úprava konců). doplnění 3' ustupujících konců. při značení molekul nutno používat alfa značené nukleotidy. značení molekul a klonování DNA. při značení molekul nutno používat gama značené nukleotidy. 5 -> 3 exo aktivita.

T4 DNA polymeráza (úprava konců). zatupení molekul. 3' koncové značení. hybridizační sondy. klonování DNA. 5 -> 3 exo aktivita. při značení molekul nutno používat gama značené nukleotidy.

Poly A polymeráza. syntéza poly A nástavců na 3' koncích RNA. syntéza poly A nástavců na 5' koncích RNA. značení RNA. 3' RACE. příprava templátů na translaci in vivo. využití při RQ PCR.

Alkalická fosfatáza. odstraňuje fosfát na 5' i 3' konci. přidává fosfát na 5' i 3' konci. z telecího střeva lze inaktivovat proteinázami. z antarktických krevet je možná teplotní inaktivaci při 65°C na 15 min. z bakterie je možná teplotní inaktivaci při 65°C na 15 min. odstranění fosfátu jenom z DNA. odstranění fosfátu z DNA, RNA, dNTPs, rNTPs (a proteinů). kofaktory Mg2+ a Zn2+. využití pro klonování a radioaktivní značení. využití pro nested PCR.

T4 polynukleotid kináza. odstraňuje fosfát z 5' konce. přidává fosfát na 5' konce. odstraňuje fosfát z 3' konce. možno pracovat s fosfátem dvojím způsobem (forward a exchange). pochází mimo jiné i z antarktických krevet. inhibována amonnými a fosfátovými ionty. kofaktory amonný a fosfátový ionty. vadí jí na konci cytosin. využití pro radioaktivní značení 5' konců, fosforylace linkerů, adaptérů a primerů. nevadí jí na konci cytosin.

TdT (Terminální deoxynukleotidyl Transferáza). aktivita polymerační 5 -> 3, žádná exo. aktivita polymerační 5 -> 3 a 3 -> 5 exo. kofaktory Mg2+ nebo Co2+. kofaktory Ca2+ a Mg2+. preference pro 3' přesahující konce. preference pro 5' přesahující konce. využití pro RACE PCR a 3' koncové značení molekul (radioaktivně). využití pro hybridizační sondy. stačí primer (OH skupina), nepotřebuje templát. za specifických podmínek funguje i na tupých či 3' ustupujících koncích.