Biologia Molecolare 5

Nell' approccio sperimentale di Meselson e Stahl che portò le prove dell'ipotesi semiconservativa come il modello più probabile per la replicazione del DNA, quali radioisotopi e metodi di separazione sono stati usati?. Cellule infettate con il batteriofago T4 coltivate in presenza di radionuclidi, DNA analizzato con un gradiente di CsCl. Batteri cresciuti in un mezzo contenente timidina [3H] fino a che l'intero DNA contenesse catene pesanti e quindi trasferite in un mezzo di coltura leggero e pesante per un ciclo di replicazione. Separazione su gradiente di densità. Batteri cresciuti in N14 e in N15, DNA separato in un gradiente di densità di CsCl. Cellule radiomarcate con timidina [3H].

In Escherichia Coli la DNA polimerasi I. ha un'alta processività, fedeltà e un'attività esonucleasica 3'-5' (proof reading). è un complesso multisubunità formato da 10 diversi polipeptidi. ha 4 domini funzionali e 3 subunità. Riempe le brevi sequenze di DNA a singola elica che derivano dalla replicazione del DNA (lagging strand) e dalla riparazione, quando i nucleotidi danneggiati devono essere rimossi.

Le DNA polimerasi. possegono attività elicasica. non sono presenti nei procarioti. non sono mai enzimi processivi. posseggono più di una attività enzimatica.

Nella duplicazione del DNA a doppia elica, la funzione di stampo o template è svolta da: catene di RNA sintetizzate nelle fasi iniziali della replicazione. tutte e due le catene parentali di DNA. dalla DNA polimerasi. una sola delle due catene parentali.

Da quale attività enzimatica dipende il processo di correzione di bozze che caratterizza le DNA polimerasi replicative?. Esonucleasica 3'-5'. RNasica. Polimerasica 3'-5'. Esonucleasica 5'-3'.

Perchè ciascuna forca replicativa contiene un filamento guida ed un filamento discontinuo?. perchè la sintesi deve essere complementare. perchè l'elicasi svolge un filamento più velocemente dell'altro. perchè i filamenti del DNA sono antiparalleli e la polimerasi può lavorare solo in una direzione. perchè la DNA polimerasi deve sintetizzare DNA dal 3' al 5'.

Durante la replicazione del DNA le proteine SSB. idrolizzano ATP e promuovono la separazione dei due filamenti di DNA. formano una struttura ad anello e mantengono la DNA polimerasi attaccata allo stampo. fungono da caricatori della sliding clamp sul DNA stampo. legano il DNA a singolo filamento ed evitano che si formino strutture secondarie.

Il complesso proteico detto caricatore della sliding clamp catalizza l'apertura ed il posizionamento della proteina sul DNA, allo stesso modo il caricatore rimuove la sliding clamp quando la sintesi del DNA è finita. Il caricatore è ATP indipendente, quando il caricatore si lega, le subunità γ e τ cambiano conformazione e possono in questo interagire con la pinza e determinarne l'apertura. Ha sei ripiegamenti simmetrici ed formata da un dominio ripetuto tre volte in ogni monomero. Il caricatore è ATP dipendente, quando il caricatore si lega, le subunità γ e τ cambiano conformazione e possono in questo interagire con la pinza e determinarne l'apertura. il caricatore si comporta come una topoisomerasi.

La primasi: è molto attiva sul filamento discontinuo durante la replicazione. è un enzima altamente processivo. possiede attività di elicasi. trascrive normalmente i geni codificanti proteine.

Nella replicazione del DNA procariotico, la proteina Tus. riconosce le sequenze emimetilate in corrispondenza della OriC. riconosce le sequenze Ter e arresta l'avanzamento dell'elicasi. stimola l’idrolisi di ATP da parte di DnaA. stimola il legame cooperativo di DnaA alle sequenze DARS.

Qual è la principale polimerasi coinvolta nella replicazione del DNA in E.coli?. DNA polimerasi II. DNA polimerasi I. DNA girasi. DNA polimerasi III.

Un replicone è. tutto il DNA che viene sintetizzato a partire da una singola origine di replicazione. tutto il DNA che viene sintetizzato da parte della DNA polimerasi a partire da uno stesso primer. una proteina capace di riconoscere il replicatore e innescare l’inizio della replicazione. un insieme di sequenze localizzate in corrispondenza dell’origine di replicazione e sufficienti per dirigere l’inizio della replicazione.

Qual è la proteina di membrana che lega l'OriC emimetilata?. DnaB. SSB. DnaA. SeqA.

Le sequenze ripetute nell'origine di replicazione (OriC) del cromosoma di E.coli vengono legate da una proteina che forma un grosso multimero associato all'Origine stessa. Di che proteina si tratta?. Elicasi. DnaA. DnaB. SSB.

Qual è il meccanismo di replicazione del DNA dei cromosomi eucariotici?. Origini multiple bidirezionali su molecole di DNA lineare. Una origine bidirezionale su una molecola di DNA lineare. Inizio dalle estremità di molecole di DNA lineari. Origini multiple unidirezionali su molecole di DNA lineare.

La telomerasi. una grande ribonucleoproteina che consiste di un RNA (TERC), che può essere considerata un tipo specializzato di RNA polimerasi. è una grande ribonucleoproteina che consiste di un RNA (TERC) che serve da stampo e di una proteina (TERT) con attività catalitica, che funziona come una trascrittasi inversa. è una sequenza di DNA ripetitivo che si trova alle estremità dei cromosomi. non estende l'estremità 3 primo più corta ma, al contrario, allunga ulteriormente l'estremità 5 primo che protrude.

Durante la fase di selezione del replicatore eucariotico, le origini di replicazione vengono riconosciute direttamente da. le proteine istoniche. Cdc6 e Cdt1. l'elicasi MCM 2-7. il complesso ORC.

Le cause endogene del danno al DNA. Sono piuttosto rare. Consistono principalmente in alchilazione e rotture a doppia elica. Sono più frequenti delle cause esogene. Si dividono in errori delle replicazione, della ricombinazione, instabilità chimica del DNA, prodotti del metabolismo cellulare. Sono meno frequenti delle cause esogene. Si dividono in errori delle replicazione, della ricombinazione, instabilità chimica del DNA, prodotti del metabolismo cellulare. Sono meno frequenti delle cause esogene. Consistono principalmente in depurinazione, deaminazione, ossidazione.

Qual è il danno più comune dell'idrolisi sul DNA?. deaminazione della timina. deaminazione della citosina ad uracile. rimozione di una citosina e formazione di un sito abasico. rottura del legame glisodico tra le pirimidine ed il DNA.

In E coli, la cascata di eventi del mismatch repair INIZIA con i seguenti eventi: si forma un complesso UvrA e UvrB che cerca l'errore e crea delle distorsioni. UvrA esce dal complesso e UvrB si lega con UvrC e provoca incisioni nel sito di lesione. MutH può discriminare tra il filamento parentale e il filamento figlio grazie all'assenza di metilazione al sito d(GACT) quando viene sintetizzata la nuova elica, quindi l'elicasi UvrD attiva MutL. MutH lega riconosce e lega il mismatch nel DNA, quindi lega una ATP, cambia conformazione per formare una sliding clamp sul DNA, MutL si lega a MutH e quindi attiva Mut S. MutS lega riconosce e lega il mismatch nel DNA, quindi lega una ATP, cambia conformazione per formare una sliding clamp sul DNA, MutL si lega a MutS e quindi attiva Mut H.

L'O 6 metil G permette alla guanina di appaiarsi sia con la citosina che con la timina, generando una lesione altamente citotossica. Come avviene la riparazione?. Mediante mismatch repair, non è una riparazione diretta. Mediante riparazione per escissione dei nucleotidi, non è una riparazione diretta. La riparazione della transmetilazione avviene da parte di una metiltransferasi ed è una riparazione diretta. è riparata mediante la fotoliasi ed è una riparazione diretta.

Il DNA viene danneggiato sia per cause endogene che per cause esogene. Gli errori sono dati. con la stessa frequenza da agenti mutageni esogeni ed endogeni. in maggior parte da agenti mutageni ambientali, quali raggi X, agenti chimici, UV. in maggior parte da agenti mutageni endogeni, quindi il DNA è danneggiato in condizioni fisiologiche da acqua, ossigeno e agenti alchilanti. da danni esogeni i stimati al giorno 50000 rotture della singola elica.

La prima fase della riparazione per escissione di basi (BER), comune alle due vie short-patch BER e long-patch BER, coinvolge in successione l'attività di due enzimi, quali?. DNA glicosilasi ed endonucleasi Ape1. XRCC1 e Ligasi. Complesso RecBCD e proteina RecA. DNA glicosilasi e Esonucleasi.

In E.coli, la riparazione di un DSB (rottura a doppio filamento) mediante HR (ricombinazione omologa) dipende dalle. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD . Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e polimerasica del complesso MutSMutL. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata SOSbox , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ, dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina XRCC1 . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi.

Se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e viene a mancare lo stampo. le prime due risposte sono corrette. si verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato, si genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvasi. Si utilizza il filamento inatto come stampo. non si possono riparare. il filamento 3' a singola elica invade la porzione intatta del cromosoma,si appaia con il fiamento complementare e spiazza l'altra.

meccanismi di riparazione sono specifici per tipo di errore e funzionalmente conservati. La riparazione diretta del danno avviene. tramite fotoriattivazione e transmetilazione. per tolleranza per sintesi di translesione. per ricombinazione omologa. per escissione delle basi e dei nucleotidi.

La sintesi di translesione è un meccanismo di riparazione. che ammette la tolleranza, può incorporare nucleotidi in assenza di uno stampo, ma commette molti errori. che ammette la tolleranza, può incorporare nucleotidi in assenza di uno stampo, ma è comunque affidabile. che utilizza hMutLa e hMutLb: essi interagiscono con MSH e con i fattori di replicazione per il riparo. è una variante della ricombinazione omologa.

Promuove il branch migration (migrazione del chiasma). RecA. Il complesso RuvAB. RuvC. RuvA.

Nel modello di Holliday, l'evento di ricombinazione si risolve tagliando e ricucendo i filamenti prodotti mediante. ligasi. resolvasi. DNA polimerasi I. endonucleasi.

Una mutazione nel gene RuvB potrebbe. aumentare il legame di RuvB al DNA. aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA. aumentare il legame di RuvA al DNA. ridurre la resistenza agli UV.

Qual è la proteina centrale della ricombinazione omologa. Rec A che è il prototipo di una classe di proteine presenti in tutti gli organismi. Ruv B che fornisce l'energia per lo scambio di appaiamenti. Rec A presente solo nei Procarioti. Ruv C che taglia i filamenti di DNA a livello della giunzione di Holliday.

In corrispondenza di un sito Chi. il complesso RecBCD inizia a degradare il DNA fagico. la probabilità che avvenga un evento di ricombinazione diminuisce di 10 volte. il complesso RecBCD viene convertito dalla modalità nucleasica a quella riparativa. il complesso RecBCD viene convertito dalla modalità riparativa a quella nucleasica.

Durante la meiosi, la ricombinazione omologa viene iniziata da. Spo11, che introduce DSB nel DNA. Spo11, che invade il filamento. Rad51, che introduce DSB nel DNA. RecA, che invade il filamento.

La ricombinasi Hin. è coinvolta nell'integrazione del genoma del fago λ. è coinvolta nella ricombinazione programmata dei geni delle flagelline in Salmonella. è coinvolta nella trasposizione dei trasposoni a DNA. è coinvolta nella ricombinazione omologa in corrispondenza della giunzione di Holliday.

I LINE e SINE sono. Retrotrasposoni poliA. Trasposoni a DNA. Sequenze fiancheggianti i siti di inserzione. Retrotrasposoni simili ai virus.

Un filamento di una molecola di DNA è interamente trascritto in RNA messaggero dalla RNA polimerasi: la composizione in basi del DNA utilizzato come stampo è C = 18,5%, G = 22,4%, A = 26,6%, T = 32,5%. La composizione in basi dell'RNA trascritto è: G = 22,4%, C = 18,5%, A = 26,6%, U= 32,5%. G = 26,6%, C = 22,4%, A = 18,5%, U= 32,5%. G = 32,5%, C = 26,6%, A = 18,5%, U= 22,4%. G = 18,5%, C = 22,4%, A = 32,5%, U= 26,6%.

Relativamente al seguente tratto di una molecola di RNA, quale è la sequenza del filamento stampo del DNA? 5 UACGCGGUACGGUCAAUGCAUCUACCU 3. 5 ATGCGCCATGCCAGTTACGTAGATGGA 3. 3 ATGCGCCATGCCAGTTACGTAGATGGA 5. 3 TACGCGGTACGGTCAATGCATCTACCT 5. 5 TACGCGGTACGGTCAATGCATCTACCT 3.

Scegli il corretto ordine per il flusso di informazione del dogma centrale. DNA, trascrizione, RNA, traduzione, proteine. RNA, traduzione, DNA, trascrizione, proteine. DNA, traduzione, RNA, replicazione, proteine. DNA, trascrizione, RNA, replicazione, proteine.

Quale delle seguenti caratteristiche della replicazione del DNA NON è la stessa per la trascrizione dell'RNA?. La sintesi è catalizzata in direzione 5 3. L'inizio della sintesi richiede un primer. L'inizio richiede il riconoscimento di una specifica sequenza del DNA. La sintesi richiede un templato.

Le principali differenze nei processi di replicazione e trascrizione sono. la trascrizione avviene nel citoplasma e la replicazione nel nucleo. la trascrizione ha come prodotto molte copie di RNA, la duplicazione ha come prodotto una copia del genoma che consiste in una molecola di DNA. solo nella trascrizione occorre un templato. la trascrizione può iniziare in qualunque punto, mentre la duplicazione necessita di precise sequenze di inizio dette promotori.

Qual è il corretto ordine degli eventi trascrizionali che avvengono dopo che la polimerasi si è legata al promotore?. formazione del complesso chiuso, formazione del complesso aperto, clearance del promotore, inizio della sintesi dell' RNA. formazione del complesso chiuso, formazione del complesso aperto, inizio della sintesi dell' RNA, clearance del promotore. formazione del complesso aperto, formazione del complesso chiuso, inizio della sintesi dell' RNA, clearance del promotore. Inizia la sintesi dell'RNA, formazione del complesso aperto, formazione del complesso chiuso, clearance del promotore.

Nella RNA polimerasi di Escherichia coli, la subunità sigma70. è importante principalmente nella fase di allungamento. fa parte del core della polimerasi. media il legame della polimerasi al promotore, riconoscendo le sequenze -10 e -35. media il legame della polimerasi al promotore attraverso il dominio N terminale che riconosce il segmento U P del promotore.

Nella trascrizione procariotica. il fattore σ può riconoscere le sequenze promotrici anche quando non è parte dell'oloenzima. La funzione del fattore σ è di legarsi alla RNA polimerasi batterica rendendola capace di riconoscere e legare stabilmente il DNA soltanto a livello dei promotori, e non di altri siti. Il nucleo (core) enzimatico della RNA polimerasi procariotica è in grado di distinguere i promotori dalle altre sequenze di DNA anche in assenza del fattore σ. La funzione del fattore σ è di riconoscere e legarsi al DNA a livello dei promotori, e non di altri siti, formando un complesso su cui successivamene si lega la RNA polimerasi.

La terminazione della trascrizione nei batteri avviene attraverso due principali meccanismi, che possono impiegare o meno una proteina, il terminatore Rho. Quale fra le seguenti affermazioni sulla proteina Rho è corretta?. È un'elicasi che rompe l'appaiamento di basi fra stampo e trascritto. È un'endonucleasi che taglia a livello di sequenze di terminazione specifiche. È una subunità della RNA polimerasi che, in seguito a un cambio conformazionale della polimerasi, ne impedisce la trascrizione. È una esonucleasi che degrada le estremità 3' dei trascritti di RNA.