BIOLOGIA MOLECOLARE lez 18-30

Le cause endogene del danno al DNA. Sono piuttosto rare. Consistono principalmente in alchilazione e rotture a doppia elica. Sono più frequenti delle cause esogene. Si dividono in errori delle replicazione, della ricombinazione, instabilità chimica del DNA, prodotti del metabolismo cellulare. Sono meno frequenti delle cause esogene. Si dividono in errori delle replicazione, della ricombinazione, instabilità chimica del DNA, prodotti del metabolismo cellulare. Sono meno frequenti delle cause esogene. Consistono principalmente in depurinazione, deaminazione, ossidazione.

Qual è il danno più comune dell'idrolisi sul DNA?. deaminazione della timina. deaminazione della citosina ad uracile. rimozione di una citosina e formazione di un sito abasico. rottura del legame glisodico tra le pirimidine ed il DNA.

In E coli, la cascata di eventi del mismatch repair INIZIA con i seguenti eventi: si forma un complesso UvrA e UvrB che cerca l'errore e crea delle distorsioni. UvrA esce dal complesso e UvrB si lega con UvrC e provoca incisioni nel sito di lesione. MutH può discriminare tra il filamento parentale e il filamento figlio grazie all'assenza di metilazione al sito d(GACT) quando viene sintetizzata la nuova elica, quindi l'elicasi UvrD attiva MutL. MutH lega riconosce e lega il mismatch nel DNA, quindi lega una ATP, cambia conformazione per formare una sliding clamp sul DNA, MutL si lega a MutH e quindi attiva Mut S. MutS lega riconosce e lega il mismatch nel DNA, quindi lega una ATP, cambia conformazione per formare una sliding clamp sul DNA, MutL si lega a MutS e quindi attiva Mut H.

L'O 6 metil G permette alla guanina di appaiarsi sia con la citosina che con la timina, generando una lesione altamente citotossica. Come avviene la riparazione?. Mediante riparazione per escissione dei nucleotidi, non è una riparazione diretta. La riparazione della transmetilazione avviene da parte di una metiltransferasi ed è una riparazione diretta. Mediante mismatch repair, non è una riparazione diretta. è riparata mediante la fotoliasi ed è una riparazione diretta.

Il DNA viene danneggiato sia per cause endogene che per cause esogene. Gli errori sono dati. con la stessa frequenza da agenti mutageni esogeni ed endogeni. in maggior parte da agenti mutageni ambientali, quali raggi X, agenti chimici, UV. in maggior parte da agenti mutageni endogeni, quindi il DNA è danneggiato in condizioni fisiologiche da acqua, ossigeno e agenti alchilanti. da danni esogeni i stimati al giorno 50000 rotture della singola elica.

La prima fase della riparazione per escissione di basi (BER), comune alle due vie short-patch BER e long-patch BER, coinvolge in successione l'attività di due enzimi, quali?. DNA glicosilasi e Esonucleasi. DNA glicosilasi ed endonucleasi Ape1. Complesso RecBCD e proteina RecA. XRCC1 e Ligasi.

In E.coli, la riparazione di un DSB (rottura a doppio filamento) mediante HR (ricombinazione omologa) dipende dalle. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD . Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina XRCC1 . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata SOSbox , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi. attività elicasica e polimerasica del complesso MutSMutL. Questo degrada un filamento del DNA dalla sua estremità 3' fino a che incontra una particolare sequenza chiamata χ , dopodichè degrada l'altro filamento generando alla fine un tratto di DNA sporgente in 3' a cui si lega la proteina RecA . Questa innesca i successivi passaggi ricombinativi.

Se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e viene a mancare lo stampo. le prime due risposte sono corrette. si verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato, si genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvasi. Si utilizza il filamento inatto come stampo. non si possono riparare. il filamento 3' a singola elica invade la porzione intatta del cromosoma,si appaia con il fiamento complementare e spiazza l'altra.

I meccanismi di riparazione sono specifici per tipo di errore e funzionalmente conservati. La riparazione diretta del danno avviene. tramite fotoriattivazione e transmetilazione. per tolleranza per sintesi di translesione. per ricombinazione omologa. per escissione delle basi e dei nucleotidi.

La sintesi di translesione è un meccanismo di riparazione. che ammette la tolleranza, può incorporare nucleotidi in assenza di uno stampo, ma commette molti errori. che ammette la tolleranza, può incorporare nucleotidi in assenza di uno stampo, ma è comunque affidabile. che utilizza hMutLa e hMutLb: essi interagiscono con MSH e con i fattori di replicazione per il riparo. è una variante della ricombinazione omologa.

Promuove il branch migration (migrazione del chiasma). RecA. Il complesso RuvAB. RuvC. RuvA.

Nel modello di Holliday, l'evento di ricombinazione si risolve tagliando e ricucendo i filamenti prodotti mediante. ligasi. resolvasi. DNA polimerasi I. endonucleasi.

Una mutazione nel gene RuvB potrebbe. aumentare il legame di RuvB al DNA. aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA. aumentare il legame di RuvA al DNA. ridurre la resistenza agli UV.

Qual è la proteina centrale della ricombinazione omologa. Rec A che è il prototipo di una classe di proteine presenti in tutti gli organismi. Ruv B che fornisce l'energia per lo scambio di appaiamenti. Rec A presente solo nei Procarioti. Ruv C che taglia i filamenti di DNA a livello della giunzione di Holliday.

In corrispondenza di un sito Chi. il complesso RecBCD inizia a degradare il DNA fagico. il complesso RecBCD viene convertito dalla modalità riparativa a quella nucleasica. la probabilità che avvenga un evento di ricombinazione diminuisce di 10 volte. il complesso RecBCD viene convertito dalla modalità nucleasica a quella riparativa.

Durante la meiosi, la ricombinazione omologa viene iniziata da. Spo11, che introduce DSB nel DNA. Rad51, che introduce DSB nel DNA. Spo11, che invade il filamento. RecA, che invade il filamento.

La ricombinasi Hin. è coinvolta nell'integrazione del genoma del fago λ. è coinvolta nella ricombinazione programmata dei geni delle flagelline in Salmonella. è coinvolta nella trasposizione dei trasposoni a DNA. è coinvolta nella ricombinazione omologa in corrispondenza della giunzione di Holliday.

I LINE e SINE sono. Retrotrasposoni simili ai virus. Sequenze fiancheggianti i siti di inserzione. Retrotrasposoni poliA. Trasposoni a DNA.

Un filamento di una molecola di DNA è interamente trascritto in RNA messaggero dalla RNA polimerasi: la composizione in basi del DNA utilizzato come stampo è C = 18,5%, G = 22,4%, A = 26,6%, T = 32,5%. La composizione in basi dell'RNA trascritto è: G = 22,4%, C = 18,5%, A = 26,6%, U= 32,5%. G = 26,6%, C = 22,4%, A = 18,5%, U= 32,5%. G = 32,5%, C = 26,6%, A = 18,5%, U= 22,4%. G = 18,5%, C = 22,4%, A = 32,5%, U= 26,6%.

Relativamente al seguente tratto di una molecola di RNA, quale è la sequenza del filamento stampo del DNA? 5 UACGCGGUACGGUCAAUGCAUCUACCU 3. 5 ATGCGCCATGCCAGTTACGTAGATGGA 3. 3 ATGCGCCATGCCAGTTACGTAGATGGA 5. 3 TACGCGGTACGGTCAATGCATCTACCT 5. 5 TACGCGGTACGGTCAATGCATCTACCT 3.

Scegli il corretto ordine per il flusso di informazione del dogma centrale. DNA, trascrizione, RNA, replicazione, proteine. DNA, trascrizione, RNA, traduzione, proteine. DNA, traduzione, RNA, replicazione, proteine. RNA, traduzione, DNA, trascrizione, proteine.

Quale delle seguenti caratteristiche della replicazione del DNA NON è la stessa per la trascrizione dell'RNA?. La sintesi è catalizzata in direzione 5 3. L'inizio della sintesi richiede un primer. L'inizio richiede il riconoscimento di una specifica sequenza del DNA. La sintesi richiede un templato.

Le principali differenze nei processi di replicazione e trascrizione sono. la trascrizione avviene nel citoplasma e la replicazione nel nucleo. la trascrizione ha come prodotto molte copie di RNA, la duplicazione ha come prodotto una copia del genoma che consiste in una molecola di DNA. solo nella trascrizione occorre un templato. la trascrizione può iniziare in qualunque punto, mentre la duplicazione necessita di precise sequenze di inizio dette promotori.

Qual è il corretto ordine degli eventi trascrizionali che avvengono dopo che la polimerasi si è legata al promotore?. formazione del complesso chiuso, formazione del complesso aperto, clearance del promotore, inizio della sintesi dell' RNA. formazione del complesso chiuso, formazione del complesso aperto, inizio della sintesi dell' RNA, clearance del promotore. formazione del complesso aperto, formazione del complesso chiuso, inizio della sintesi dell' RNA, clearance del promotore. Inizia la sintesi dell'RNA, formazione del complesso aperto, formazione del complesso chiuso, clearance del promotore.

Nella RNA polimerasi di Escherichia coli, la subunità sigma70. è importante principalmente nella fase di allungamento. fa parte del core della polimerasi. media il legame della polimerasi al promotore, riconoscendo le sequenze -10 e -35. media il legame della polimerasi al promotore attraverso il dominio N terminale che riconosce il segmento U P del promotore.

Nella trascrizione procariotica. il fattore σ può riconoscere le sequenze promotrici anche quando non è parte dell'oloenzima. La funzione del fattore σ è di legarsi alla RNA polimerasi batterica rendendola capace di riconoscere e legare stabilmente il DNA soltanto a livello dei promotori, e non di altri siti. Il nucleo (core) enzimatico della RNA polimerasi procariotica è in grado di distinguere i promotori dalle altre sequenze di DNA anche in assenza del fattore σ. La funzione del fattore σ è di riconoscere e legarsi al DNA a livello dei promotori, e non di altri siti, formando un complesso su cui successivamene si lega la RNA polimerasi.

La terminazione della trascrizione nei batteri avviene attraverso due principali meccanismi, che possono impiegare o meno una proteina, il terminatore Rho.Quale fra le seguenti affermazioni sulla proteina Rho è corretta?. È un'elicasi che rompe l'appaiamento di basi fra stampo e trascritto. È un'endonucleasi che taglia a livello di sequenze di terminazione specifiche. È una subunità della RNA polimerasi che, in seguito a un cambio conformazionale della polimerasi, ne impedisce la trascrizione. È una esonucleasi che degrada le estremità 3' dei trascritti di RNA.

Quale dei seguenti fattori di trascrizione è utilizzato da tutte e tre le RNA polimerasi?. TFIIF. TFIIIC. TFIID. TBP.

Quali delle seguenti RNA polimerasi eucariotiche è responsabile della trascrizione degli RNA codificanti per proteine?. RNA polimerasi 2. RNA polimerasi 3. RNA polimerasi 1. RNA polimerasi 4.

Durante la fase di allungamento della trascrizione, il complesso FACT. facilita la trascrizione in presenza della cromatina rimuovendo le modificazioni post-traduzionali dagli istoni. facilita la trascrizione in presenza della cromatina rimuovendo l'ottamero istonico dai nucleosomi. facilita la trascrizione in presenza della cromatina rimuovendo e reinserendo gli istoni H3 e H4 dai nucleosomi. facilita la trascrizione in presenza della cromatina rimuovendo e reinserendo gli istoni H2A:H2B dai nucleosomi.

La proteina TBP è una subunità del fattore generale della trascrizione. TFIIH. TFIID. TFIIB. TFIIA.

Il fattore di trascrizione TFIIB. si lega al TATA box. ha un'attività elicasica che contribuisce alla formazione della bolla di trascrizione. stabilizza le interazioni tra TBP, TFIID e il DNA. si lega all'elemento BRE.

Quale/i delle seguenti polimerasi eucariotiche riconosce dei promotori interni al trascritto?. RNA polimerasi II. tutte le RNA polimerasi. RNA polimerasi I. RNA polimerasi III.

La proteina del repressore Lac si lega. All'operatore in assenza di allolattosio. All'operatore indipendentemente dalla presenza o meno di allolattosio. All'operatore in presenza di allolattosio. Al gene lac Z in presenza di allolattosio.

Quale delle seguenti affermazioni è vera per la regione lacO dell'operone lac?. Contiene il promotore dell'operone. Codifica per la proteina del repressore Lac. Codifica per la proteina galattoside permeasi. Mutazioni in questa regione portano all'espressione costitutiva del promotore.

in quali casi si hanno i più alti livelli di espressione dell'operone del lattosio. Alti livelli di glucosio, lattosio presente. Bassi livelli di glucosio, lattosio presente. Bassi livelli di glucosio, lattosio assente. Alti livelli di glucosio, lattosio assente.

Quale delle seguenti affermazioni NON è vera per l'operone lac. la trascrizione produce un singolo mRNA policistronico, che contiene lac Z, A e lac Y. La regione dell'operatore regola la trascrizione attraverso l'interazione con la proteina repressore Lac. Il gene lac I gene è controllato dallo stesso promotore del gene lac Z. Il repressore Lac è espresso costitutivamente.

Unità di espressione genica costituita da uno o più geni connessi e dalle sequenze dell'operatore e del promotore, che ne regolano la trascrizione. repressore. induttore. Operone. promotore.

Qual è l'elemento che agisce in trans (trans-dominante) nella regolazione. l'allolattosio. il repressore. il promotore. il gene lacZ.

L'operone trp di E. coli. è un operone inducibile a controllo positivo. è un operone inducibile a controllo negativo. è un operone reprimibile a controllo positivo. è un operone reprimibile a controllo negativo.

Quale tra questi elementi del nucleo del promotore è tipico dei promotori TATA-less?. BRE. DPE (Downstream Promoter Element). INR (Inr, Initiator). DCE (Downstream Core Element).

Il complesso del MEDIATORE. è un complesso di oltre 4 subunità, molto conservato tra lievito e mammiferi. è un importante componente per l'inibizione del PIC (complesso di pre-inizio della trascrizione), molto conservato tra lievito e mammiferi. è un importante componente per la formazione del PIC (complesso di pre-inizio della trascrizione), molto conservato tra lievito e mammiferi. lega direttamente la RNA polimerasi mitocondriale.

La sequenza consenso -10 è TATAAT. Se due geni tipA e tipB hanno promotori con la stessa sequenza, a parte la regione -10, che in tipA è TAATAT e in tipB è TGTCGA, quale gene sarà trascritto più efficacemente e perché?. viene trascritto più efficientemente tipB, perché ha una sequenza -10 più simile alla sequenza consenso. viene trascritto più efficientemente tipB. La sequenza in posizione -10 di tipA devia maggiormente dalla sequenza consenso e sarebbe più difficile da aprire perché ha un contenuto di TA superiore. non c'è differenza, vengono trascritti entrambi allo stesso livello. viene trascritto più efficientemente tipA. La sequenza in posizione -10 di tipB devia maggiormente dalla sequenza consenso e sarebbe più difficile da aprire perché ha un contenuto di GC superiore.

Qual modificazione avviene nel dominio CTD della RNA polimerasi durante fase di allungamento della trascrizione?. una metliazione. un'acetilazione. nessuna. una fosforilazione.

La fosforilazione della coda CTD della RNA polimerasi II controlla la progressione della trascrizione e il reclutamento dei complessi di maturazione dell'mRNA. In quale stato di fosforilazione la polimerasi si lega al promotore all'inizio della trascrizione?. Completamente defosforilata. Fosforilata alla Ser5. Fosforilata alla Ser2. Fosforilata alla Ser 5 e parzialmente fosforilata alla Ser2.

Quale di queste affermazioni relativa agli Enhancer è vera?. funzioano in entrambi i sensi. si trovano solo al centro del gene che regolano. agiscono in trans. sono specifici per un singolo gene.