STRUKTURA A VLASTNOSTI INFORMAČNÍCH BIOPOLYMERŮ

Uracil a Inosin. Párování typické pro DNA. Guanin a Cytosin. Párování bází typu "wobble". Hoogsteenovo párování bází. Cytosin a Inosin. Párování bází nacházené např. v tRNA a mRNA. Inosin a Adenin. Cytosin a Guanin. Uracil a Guanin.

Co je na obrázku? Jaké báze zde párují?. Guanin a imino tautomer Cytosinu. Deprotonovaný Adenin a Thymin. Imino tautomer Adeninu a Cytosin. Adenin a imino tautomer Uracilu. Adenin a imino tautomer Cytosinu. Keto forma Adeninu a Cytosinu. Guanin a keto tautomer Cytosinu. Guanin a enol tautomer Cytosinu. Protonovaný Adenin a imino Cytosin. Adenin a Inosin.

Co je na obrázku?. Párování bází nacházené např. v tRNA a mRNA. Inosin a Uracil. Párování typické pro DNA. Cytosin a Uracil. Inosin a Cytosin. Párování bází typu "wobble". Hoogsteenovo párování bází. Guanin a Cytosin. Inosin a Adenin.

Co je na obrázku?. Atypické párování Adeninu s Thyminem. Atypické párování Guaninu s Uracilem. Párování v dsRNA vynucující rotaci pyrimidunu okolo glykosidické vazby. Párování běžné v Z-DNA. Struktura nacházená v telomerách. Běžné párování Adeninu s Uracilem. Atypické párování Adeninu s Uracilem. Párování v DNA vynucující vzácnou rotaci purinu okolo glykosidické vazby.

Co je na obrázku?. Atypické párování Guanin-Thymin. Hoogsteenovo párování Guanin-cytosin. Hoogsteenovo párování Guanin-Uracil. Typické párování Guanin-cytosin. Typické párování Adenin-Thymin. Atypické párování Adenin-Cytosin.

Co je na obrázku. Inosin a Adenin. Guanin a Adenin. Inosin a Uracil. Hoogsteenovo párování bází. Párování typické pro DNA. Párování bází nacházené např. v RNA. párování bází typu ‘wobble’.

Prohlédněte model a rozhodněte, která tvrzení mohou být správná. Neočekávejte záludnosti. Atomy dusíku a kyslíku jsou tmavší, než uhlík. Atomy vodíku nejsou zobrazeny. "3+4" je histidin. "4" je guanin. Molekula je guanosin-5',3'-tetrafosfátu (ppGpp). "3" značí deoxyribózu. "3" značí ribózu. "4" je uracil. "2" je ATP vázané na DNA-helikázu ("1+1+1+1+3+4"). Molekula je protein calmodulin (zobrazeno pouze 8 aminokyselin). Molekula je cytidin-5'-difosfát-3'-difosfát. Na fosfátové skupiny "1" je vázán jeden kationt "2".

Na obrázku je thymin + adenin + thymin. Bíle je zobrazen vodík, šedě uhlík a dusík, tmavě kyslík. Co dále platí?. Vlevo Watson-Crickovo párování (v obrázku X). Vlevo párování "wobble" (v obrázku X). Vpravo Hoogsteenovo párování (v obrázku Z). Vlevo Hoogsteenovo párování (v obrázku X). Vpravo párování "wobble" (v obrázku Z). Struktura velmi často nacházená v RNA.

Co je na obrázku? Co platí?. Tripeptid Val-Val-Val. 1 a 2 značí vazby, kde není možná rotace, kvůli rezonanci. Rotace kolem vazeb 1 a 2 mění dihedrální úhly fí a psí. Tripeptid Gly-Ala-Asp. Tripeptid Ala-Ala-Ala. 1 Značí vazbu, kolem které je možná rotace. 2 Značí vazbu, kolem které je možná rotace. Obdélníky značí rigidní planární části struktury.

Jaká je sekvence tohoto peptidu (řazeno od N-konce)?. Ala-Arg-Arg-Gln-Met-Glu-Glu. Asp-Ala-Arg-Arg-Gln-Met-Glu-Glu. Asp-Cys-Asn-Arg-Arg-Ala. Glu-Glu-Met-Gln-Arg-Arg-Gly. Glu-Glu-Cys-Asn-Gln-Gln-Val-Ser. Gly-Glu-Met-Asp-Arg-Arg-Gly-Asp-Glu. Glu-Glu-Met-Gln-Arg-Arg-Ala-Asp. Gly-Glu-Glu-Met-Asp-Arg-Arg-Val-Asp-Glu. Asp-Asp-Cys-Asn-Arg-Arg-Ala-Glu. Nedá se lineárně zapsat, protože jde o větvenou molekulu.

Na obrázku je difraktogram paprsků X. O jaký vzorek se jednalo? Co dále platí?. Uprostřed (kde nám chybí data) by byla informace o nejjemnějších strukturních detailech. Vzorkem byly krystaly RNA. Velké skvrny nahoře a dole odpovídají nejbližším opakujícím se atomům - asi 340 pm od sebe. Velké skvrny nahoře a dole odpovídají difrakci na molekulách vody - ledu. Na vzorku, který byl analyzován, dochází k rozptylu hlavně na těžkých jádrech atomů fosforu. Vzorek byl heterogenní, nejednalo se tedy o krystal. Skvrny okolo středu do tvaru písmene X značí, že se jedná o spirálovitou molekulu. Vzorkem byla vodorovně uspořádaná vlákna DNA v konformaci B. Paprsky X jsou rozptylovány hlavně lehkými jádry atomů vodíku. Čím jsou skvrny od sebe vzdálenější, tím dále od sebe jsou i atomy, ze kterých se paprsky rozptylovaly.

Prohlédněte si shora molekulu DNA. Co pro ni platí?. Cukry zde mají kofiguraci C3'-endo. Glykosidická vazba je zde vždy v poloze syn. Je to nejběžnější konfromace v aktivních buňkách. Cukry zde mají kofiguraci C2'-endo. Fosfátové skupiny míří do vnitřní dutiny. Jde nejspíš o konformaci Z. Jde nejspíš o konformaci A. Molekula RNA by měla podobnou konformaci. Tato konformace má patra bazí kolmá na osu dvoušroubovice. Vyskytuje se pouze ve vysoké koncentraci iontů Mg2+.

Podívejte se na atomy uhlíku označené šipkami. Jaký typ hybridizace se uplatňuje na atomech X a Z? Jaký typ vazby je mezi nimi. sp3 - sp2, vazba sigma. sp3 - sp3, vazba sigma. sp - sp2, vazba pi. sp2 - sp3, vazba pi. sp3 - sp, vazba sigma. sp2 - sp2, vazba sigma. sp3 - sp2, vazba pi. sp - sp2, vazba sigma.

Na obrázku je záznam z ultracentrifugace po různé době sedimantace (t0, t1, t2, t3). Co dále platí?. Malé molekuly sedimentují vždy rychleji než velké. Na densitogramu vpravo je vidět postupování rozhraní vzorku směrem ke dnu. Nemůže se jednat o sedimentaci DNA, ta by v CsCl vždy stoupala ode dna. Šířka rozhraní je ovlivněna difúzním koeficientem látky. Vlevo jsou snímky kyvety, kde tmavě je znázorněna absorbance vzorku. Vzorek je polydisperzní, protože se šířka rozhraní v čase liší. Jedná se centrifugaci v gradientu CsCl a látka nakonec doputuje do jedné úzké zóny. Na svislé ose grafu je koncentrace nebo absorbance vzorku. Kyvety nejsou přesně kvádrové, aby v nich byl konstantní hydrostatický tlak. Koncentrace látky ve středu kyvety se v čase snižuje, jak se u hladiny hromadí její agregáty.

Podívejte se na záznam z pyrosekvenování. Písmena dole značí přidaný deoxyribonukleotid, výchylka křivky směrem nahoru znamená nárůst luminiscence. Jaká je sekvence sekvenovaného (tedy komplementárního) vlákna?. AAAGCCACCCCT. AGTCAGTCAGT. TGACTGACTGA. AGTGCT. AGGGGTGGCTTT. AGGCACT. TCGTGA. TCCCCACCGAAA.

Zde je elektroforéza (pohyb zleva doprava) fragmentů chemického štěpení DNA v přítomnosti piperidinu (podle Maxama a Gilberta). V první linii byl použit hydrazin a 2M NaCl. Ve druhé linii jen hydrazin. Ve třetí linii dimethylsulfát v pH 4. Ve čtvrté linii dimethylsulfát v pH 7. Jaká byla původní sekvence DNA?. TCGCGATAGCT. TCGCGCTAGCT. TCACAGTGACT. CTGTGACAGTC. GCGCGATAGGT. GCGCGATATCT. TCGCGATAGTC. TGAGAATAGCT. TCGCGATAGCC. GCGCGATCGCT.

V proteinech se převážně vyskytují L-aminokyseliny. Níže vyberte pravdivá tvrzení. Všechny L-aminokyseliny stáčejí rovinu polarizovaného světla doprava. Všechny L-aminokyseliny stáčejí rovinu polarizovaného světla doleva. Neplatí pro prolin, protože nemá primární amin. D-aminokyseliny jsou v buňkách také, ale nemohou se zabudovávat při translaci. Všechny L-aminokyseliny stáčejí rovinu polarizovaného světla, ale na různé strany. Glycin se nedá charakterizovat jako L a D forma, protože není opticky aktivní. Vyjímkou je glycin, ten je v proteinech vždy jako D-glycin.

Co platí o nejčastějších RNA vlásenkách (viz moodle)?. Jsou tvořeny např. sekvencí GGACGGCGGUCC. Kromě centrální části jsou tvořeny téměř pravidelným palindromem. Jsou tvořeny např. sekvencí AAACUUAAGUCC. Obsahují vždy alespoň 5 nespárovaných bazí. Mohou v centrální části vytvářet interakci U-G. Zaujímají částečně konformaci podobnou A-DNA. Jsou tvořeny např. sekvencí GGACUUCGGUCC. Jsou tvořeny např. sekvencí UGACUUAAGUCA. Mohou být stabilizovány také vodíkovým můstkem mezi cytosinem a fosfátem.

DNA a RNA se chovají v bazickém prostřeí rozdílně. Jak? Proč?. RNA se degraduje na cyklické nukleotidy a nakonec i na lineární. DNA je kyselejší a proto snáz odolává hydroxidům. Dvouřetězcové uspořádání chrání DNA před degradací. Methylovaná DNA je ze všech forem DNA a RNA nejméně odolná. DNA se v hydroxidech vždy depurinuje. DNA se degraduje na směs cyklických nukleotidů. 3'-OH skupina na DNA zajišťuje stabilitu vlákna. 2'-OH skupina na RNA vyvolává štěpení cukr-fosfátové kostry.

Co platí o molekule kyseliny difosforečné. Je částí DNA, váže se na 3' a 5' konce nukleosidů. Má tvar trojboké pyramidy. Má pKa asi 10. Vzniká při štěpení restrikčními enzymy používanými v laboratoři. Vykazuje "pnutí" kvůli blízkým atomům kyslíku. Je součástí pyrolysinu. Spoluutváří cukr-fosfátovou kostru nukleových kyselin. Má lomený tvar s atomem fosfátu uprostřed.

Co platí o nadobrátkách v přírodní DNA?. Usnadňují translaci. Jedná se o záporné nadobrátky. Dají se rozvinout vmezeřením Ethidia do malého žlábku. Udrží se pouze u lineárních forem DNA. Napomáhají replikaci. Dají se zrušit přidáním molekul DAPI. Napomáhají rozvíjení dvojvlákna. Vyvolávají kondenzaci chromosomální bakteriální DNA. Dají se pozorovat v elektronovém mikroskopu. Vytváří je topoizomeráza I.

Co jsou to rotamery. Například L-glycin a D-glycin. Struktury v proteinech nacházené s různou pravděpodobností na různých místech - např. v krystalech. Různé možné pozice postranního řetězce aminokyselin. Například L-valin a D-valin. Oligomerní symetrické proteinové komplexy vytvářející válcovité struktury v membránách. Viry používané k amplifikaci požadované sekvence. Malé monomerní proteiny, které se projevují rychlou difúzí.

Co platí o N-glykosidické vazbě v DNA. Adenin je prakticky vždy v konfiguraci anti. Báze je vždy v konfiguraci anti. Cytosin je vždy v konfiguraci syn. V Z-DNA se střídá anti-syn-anti-syn konfigurace v jednom vlákně. Báze je vždy v konfiguraci syn. V B-DNA bývá purin v konfiguraci syn a pyrimidin v anti. Cytosin je prakticky vždy v konfiguraci s anti.

Co se může stát s purinovou bází v DNA, když je methylována v pozici N7?. Methylová skupina se snadno schová dovnitř šroubovice. Báze vynutí ve svém okolí konformaci Z. Báze začne párovat s 5'-methylcytosinem. Například u thyminu vždy vyvolá tvorbu thyminového dimeru. Může dojít k její odštěpení z deoxyribosy. Často dojde k depurinaci.

Proč/jak se váží proteiny SSB na DNA. Mezi těmito molekulami dochází k několika ‘stacking’ interakcím. SSB jsou bazické, DNA kyselá. Dochází k interakci fenylalaninu a báze DNA. SSB jsou nabité kladně, DNA záporně. Dochází k interakci tryptofanu a báze DNA.

Co platí o chemické vazbě. Vazby se účastní jen elektrony nejblíže jádru. Vazby se účastní elektrony vnějších vrstev. Dvojná kovalentní vazba bývá typu sigma + pí. Trojná vazba je kratší, než vazba dvojná. Hustota elektronů dvou vázaných atomů je zvýšená mezi jádry. Jednoduché vazby pí se účastní celkem 4 "laloky" orbitalů-p. Jednoduchá kovalentní vazba bývá typu sigma. Vzniká vždy mezi atomy s rozdílnou elektronegativitou. Jednoduchá kovalentní vazba bývá typu pí. Při vzniku vazby nesmí dojít k obsazení žádného antivazebného orbitalu.

Pro konformaci Z u nukleových kyselin platí. Jde o pravidelnou strukturu, ale dvě nad sebou ležící patra se vzájemně konformací nepodobají. Je častá, pokud se v sekvenci opakuje GCGCGC. Jde o levotočivou dvoušroubovici. Jde o pravotočivou dvoušroubovici. Je častá, pokud se v sekvenci opakuje TATATA. Je častá, pokud se v sekvenci opakuje GAGAGA. Vazba proteinů ji vždy přeměňuje na konformaci B. Jde o strukturu, ve které jsou fosfátové skupiny velmi vzdálené, díky interakcím s kationty. Vyskytuje se často v duplexu RNA-DNA. Je vyvolána vysokou koncentrací aniontů.

Co platí pro dvě molekuly, které jsou v prostoru vůči sobě náhodně orientované?. Uvažujme podélné osy obou molekul. Nejsou k sobě nijak vázány, tedy budou zaujímat zcela libovolné úhly se stejnou pravděpodobností. Nejčastěji budou k sobě orientovány pod takzvaným magickým úhlem. S největší pravděpodobností jsou k sobě na kolmo (pod úhlem 90°). Skoro nikdy nebudou rovnoběžně. Pokud je nalezneme častěji pod úhlem 20°, než pod úhlem 40°, pak spolu asi nějak interagují.

V oblastech DNA bohatých na A-T páry platí. Rozplétají se zde částečně antiparalelní vlákna. Adenina a Thymin zde vytvářejí kvadruplex. Tyto sekvence nikdy nenacházíme v regulačních částech genů. Objevuje se zde někdy změna konformace B-DNA a A-DNA. DNA-vazebné proteiny sem mohou velmi těžko nasedat. Adenina a Thymin zde mohou vytvářet vodíkové můstky v jednom vlákně. Může zde snadno docházet k ohybu obou vláken.

Která tvrzení o kyselině trihydrogenfosforečné jsou správná?. její molekula má tvar téměř pravidelného čtyřstěnu. její molekula má tvar téměř pravidelného trojbokého jehlanu. Nikdy se nevyskytuje v proteinech. v dvojvláknové DNA je chráněna před molekulami vody díky ‘stacking’ interakcím. V DNA váže glykosidickou vazbou dusíkaté báze. ve vodě disociuje a pak nese záporný náboj. je přítomna v DNA i RNA. v RNA se většinou váže na C2’ uhlík.

Co platí o molekule kyseliny difosforečné?. Vzniká při štěpení restrikčními enzymy používanými v laboratoři. Je součástí pyrolysinu. Spoluutváří cukr-fosfátovou kostru nukleových kyselin. Vykazuje "pnutí" kvůli blízkým atomům kyslíku. Je částí DNA, váže se na 3' a 5' konce nukleosidů. Má lomený tvar s atomem fosfátu uprostřed. Má pKa asi 10. Má tvar trojboké pyramidy.

Co platí o nejčastějších dimerech thyminu. Vznikají při expozici DNA UV záření. Vznikají při expozici DNA záření o vlnové délce 550 nm. Často obsahují cyklobutanový kruh. Patrně vynucují v DNA konformaci B. V RNA jsou vzácné kvůli jejich odbourávání nukleofilním atakem 2' OH skupiny. V konformaci A je nenacházíme. Zabraňují replikaci.

Pro velký žlábek v dvoujšroubovici DNA platí. Je definován polohou atomů fosforu a uhlíku. Je vždy snáze dostupný pro DNA-vazebné proteiny. Váže iont Ethidia. Je vymezen polohou atomů C1'- osou šroubovice - C1'. Váže molekulu DAPI. V konformaci B do něj míří skupiny z uhlíku C6 purinů.

Co nejvíce stabilizuje sekundární strukturu alfa-helixu v proteinech? Co dále platí?. Na jednu otočku helixu je přesně 5 aminokyselin. Vodíkové můstky mezi C=0 a N-H skupinami. Vodíkové můstky mezi peptidem a molekulami vody. Na dvě otočky helixu připadá asi 7 aminokyselin. Hydrofóbní interakce postranních řetězců aminokyselin. Na jednu otočku helixu připadají přesně 3 aminokyseliny. Elektrostatické interakce postranních řetězců. Vodíkové můstky mezi postranními řetězci aminokyselin.

Sekundární struktura proteinů. Co platí. Stabilizují ji vodíkové můstky mezi C=0 a N-H skupinami. Dá se popsat pomocí dihedrálních úhlů chí a omega. Je nejčastěji beta-helix. Tvorbu nejpohyblivějších motivů umožňuje serin a prolin. Je například alfa-helix. Je vyvolána hydrofóbními interakcemi. Dá se popsat pomocí dihedrálních úhlů fí a psí. Tvorbu nejpohyblivějších motivů umožňuje glycin. Je prostorově omezená kyslíkem C=0 a vodíkem N-H. Ovlivňuje CD spektrum.

Co platí o izoelektrickém bodu (pI) glycinu?. Je to hodnota pH, kdy má glycin nejvyšší elektrický náboj. Jeho hodnota je asi 9. Jeho hodnota je udávána v Coulombech. Je to hodnota pH, kdy se glycin nepohybuje při elektroforéze. Jeho hodnota je asi 6. Je to průměr hodnot pKa skupin -COOH a -NH3+. Pokud je glycin uprostřed proteinu, pak má hodnotu >9. Jeho hodnota je asi −1,6×10^(−19) C. Jeho hodnota je asi 2.

Co platí o absorpčním a emisním světelném spektru osamocených atomů a iontů?. Každý prvek má jiné spektrum. Jednotlivé linie ve spektru odpovídají energii přechodu elektronu (E=h.f) mezi hladinami. U atomů vodíku sahá spektrum i do UV a infračervené oblasti. Spektrum se dá pozorovat pouze pomocí velmi citlivého spektrofotometru. Některé prvky mají stejná spektra, protože mají stejné hladiny obsazované valenčními elektrony. Jednotlivé pásy odpovídají přechodu protonů do vyšších energetických hladin. V emisním spektrum "chybí" několik úzkých pásů. V absopčním spektrum "chybí" několik úzkých pásů. Spektrum vodíku se podobá spektru jakéhokoli rozžhaveného tělesa.

Která chemická skupina v postranním řetězci patří ke zmíněné aminokyselině?. Karboxyl -> Glu. Guanidin -> Arg. Thiol -> Cys. Indol -> Trp. Sekundární amin -> Lys. Sekundární amin -> Pro. Karboxyl -> Gly. Karboxyl -> Gln. Karbonyl -> Leu. Ethyl -> Cys.

Peptidová vazba v proteinech. Co platí?. Má planární tvar kvůli rezonanci mezi C=O a N-H. Umožňuje volnou rotaci mezi C=O a N-H. Je vždy v konfiguraci trans. U glycinu je stejně často v konfiguraci cis a trans. Je vždy v konfiguraci cis před prolinem. Bývá většinou v konfiguraci cis. V konfiguraci cis má atomy Calfa-Calfa blíž, než 0.3 nm. Je vždy v konfiguraci cis. Má tvar trojbokého jehlanu kvůli hybridizaci sp3. Popisuje ji Ramachnadranův diagram.

Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p4(2,1,1)?. Uhlík. Dusík. Kyslík. Fosfor. Síra.

Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p6 3s2 3p3(1,1,1)?. Uhlík. Kyslík. Dusík. Fosfor. Síra.

Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p2(1,1,0). Síra. Uhlík. Dusík. Kyslík. Fosfor.

Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p6 3s2 3p4(1,1,1)?. Uhlík. Dusík. Kyslík. Síra. Fosfor.

Stavba atomu. Co platí?. Většina hmotnosti atomu je tvořena elektronovým obalem. Největší hustota elektronů je v těsné blízkosti jádra. Všechna jádra atomů jsou tvořena protony a neutrony. Náboj elektronu je asi -1,602 C. Energie elektronu se zvyšuje, pokud je dál od jádra.

Které tvrzení o aminokyselinách je pravdivé. Největší je TRP. Nejvíce polární jsou PHE, ILE, VAL. Kladně nabité jsou ARG a LYS. Záporně nabité jsou ASN a GLN. Nejméně polární jsou GLU, ASP, LYS. Glycin vlastně není aminokyselina. Nejmenší jsou GLY, ALA, VAL.

Co platí pro izopyknickou centrifugaci?. Malé molekuly vytvoří širší zóny, než molekuly velké. Rozdělí molekuly DNA podle obsahu GC párů. Umožnila prokázat semikonzervativní replikaci DNA. Umožní dělení molekul podle jejich vznášivé hustoty. Probíhá v například v gradientu CsCl. Slouží k určení sedimentační konstanty. Umožní výpočet sedimentačního koeficientu. Velké molekuly při ní sedimentují ke dnu vždy rychleji než malé. Využívá gradientu velmi viskózních látek (cukrů). Velké molekuly při ní sedimentují ke dnu vždy pomaleji než malé.

Na obrázku je plazmid s restrikčními místy pro BamHI a EcoRI. Během pokusu bylo provedeno několik štěpení s jednolivými enzymy nebo jejich kombinacemi. Výsledky štepění byly rozděleny na elektroforéze vpravo spolu s markerem molekulových hmotností. Kb značí tisíce párů bazí. Které tvrzení je správné?. Linie IV je štěpení EcoRI + BamHI. Linie III je štěpení pouze BamHI. Linie II je štěpení pouze EcoRI. Linie IV je štěpení pouze BamHI. Linie II je štěpení EcoRI + BamHI. Linie III je štěpení pouze EcoRI. Linie III je štěpení EcoRI + BamHI. Linie II je štěpení pouze BamHI. Linie V je štěpení EcoRI + BamHI. Linie IV je štěpení pouze EcoRI.

Co se dá vyčíst z UV-absorpčního spektra nukleové kyseliny?. Čistota vzorku. Podíl absorbancí při 260 nm a 280 nm by měl být okolo 2. Pokud je podíl nízký, je vzorek kontaminován např. proteiny. Počet opakování určité sekvence v jednom vlákně. Pokud budeme sledovat změny spektra v různých teplotách, můžeme zjistit podíl nativní a denaturované DNA. Pokud zjistíme velmi vysokou absorbanci při 360 nm, jde o jednovláknovou DNA. Podíl RNA a DNA ve vzorku. Sekvenční komplexita. Silná absorpce při 220 nm naznačuje přítomnost dvouvláknové RNA. Konformace DNA. Koncentrace vzorku.

Jaké síly působí na molekulu během sedimentace? Co platí o ultracentrifugaci?. RCF (relativní odstředivá síla v [g])=0,00001*r*RPM^2 kde r je poloměr rotoru v cm. RPM otáčky za minutu. Třecí síla - působí vždy směrem k hladině. Třecí síla - na konci izopyknické centrifugace prakticky nepůsobí. Vztlak - působí více u dna kyvety, pokud v ní vznikl gradient hustoty. Vztlak - působí na všechny molekuly. Odstředivá síla - je vždy tím větší, čím je molekula blíže ke dnu. Vztlak - působí pouze na molekuly, které mají nižší hustotu, než okolní roztok. Na molekulu působí u dna hydrostatický tlak v řádu stovek bar. Odstředivá síla - je konstantní v čase, pokud je konstantní rychlost otáček.

Co je všechno potřeba pro Sangerovu metodu sekvenace?. Velké množství sekvenované RNA. Pro samotnou sekvenaci stačí jediná kopie zkoumané DNA. Zařízení, které periodicky mění teplotu směsi. RNA-dependentní DNA polymeráza. Celkem 8 primerů. ddATP. Předem namnožená sekvenovaná DNA. Přesná znalost střední části amplifikované sekvence. dATP. ATP.

Jak se dá značit DNA při Sangerově metodě sekvenace DNA pro následnou detekci?. Stejně jako u PCR se DNA nikdy neznačí - stačí absorpční měření. Fluorescenčně na použitých primerech. Hledaná sekvence se rozpozná po hybridizaci primerů s jednovláknovou RNA. DNA se značit nemusí, protože inkorporace nukleotidu se detekuje uvolněným PPi. Fluorescenčně na dideoxy-nukleotidech. Radioaktivně na gama-fosfátu dideoxy-nukleotidů. Radioaktivně pomocí deoxy-nukleotidů, pokud běží všechny reakce ve stejné nádobě. Pomocí EtBr, pokud běží reakce ve čtyřech různých nádobách.

Co platí o sedimentační konstantě?. Na její hodnotu má vliv objem a tvar molekuly. s=M*(1-V*d)/(N*f), kde M je molekulová hmotnost, V objem molekuly, d její hustota, f koeficient tření. s=v/r*omega^2, kde v je rychlost klesání, r poloměr rotoru, omega úhlová rychlost. Dá se změřit pohyblivostí rozhraní studovaných molekul při centrifugaci. Měří se v gradientu sacharózy. Zjišťuje se pomocí izokinetické centrifugace. Zjišťuje se pomocí izopyknické centrifugace. Na její velikost má vliv hustota okolního roztoku. Udává se v [m/s].

Jaké interakce je uplatňují mezi DNA a proteinem HU?. Dochází k velmi specifické vazbě tryptofanu-adenin DNA. Dochází k interakci prolinu a báze DNA. Beta-hairpin HU se váže do malého žlábku DNA. Monomer HU se váže do velkého žlábku DNA. Prolin v HU se váže kovalentně na guanin. HU je silně záporně nabitý a využívá Ca2+ pro vazbu na DNA. HU váže pouze jednovláknovou DNA. Arginin v HU je přitahován fostátovou skupinou DNA. HU rozpoznává přesné palindormy. Kovalentní vazba mezi C-koncem HU a fosfátem DNA.

Ze sekvenace krátkých fragmentů genomové DNA jste získali tyto sekvence: TTCGAGCTTCA, AGCATGCTGCA, GTCATGCTTAGGCTATAAATGC. Při modifikaci podmínek potom GGCTATAAATGCTTCGAGCTTCA, AGCATGCTGCAGTCATGCTTA (jednalo se o stejný původní kus DNA). Jaká byla původní sekvence zkoumaného úseku?. AGCATGCTGCAGTCCTTCGAGCTTCA. AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTATAAATGCTTCGAGCTTCA. AGCATGCTGCAGTCATGCTCGAGCTTCA. TGCTGCAGTCATGCTTAAAACCTGGCTATAAATGCTTCGAGCTT. AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTATAAAT. AGCGCAGTCATAGGCTATTCGAGCTTCAGC. AGTCCTCATGCTCG. AGCATCTATAAATGCTTCGAGCTTCA.

Při sekvenaci pomocí fosfodiesterázy hadího jedu byly získány různé fragnemty obsahující následující množství jednotlivých nukleotidů (seřazeno podle velikosti RNA): 2G+3C+3A+2U 1G+3C+3A+2U 1G+2C+3A+2U 1G+2C+2A+2U 1G+2C+1A+2U 1G+2C+1A+1U G+C+A+U C+A+U C+U. Sestavte původní sekvenci RNA. Která z následujících to byla?. CAGCUAACGU. CUAGCUAACG. UAAGCUAACG. UCAGCUAACU. UCAGCUAAAG. AGCUAACGUC. UCAGCUAACG. CUCAGCUAAC. UCAGCUAUCG. UUAGCUAACG.

Co platí o restrikčních endonukleázách používaných při klonování?. Štěpí pouze kruhovou DNA. Štěpí DNA na fragmenty vždy delší, než 1000 párů bazí. Rozpoznávají palindromatické úseky dvouvláknové DNA. Často vyžadují kationty kovů pro svou aktivitu. Působí vždy ve formě monomerů. Rozpoznávají většinou sekvence delší, než 10 párů bazí, zejména pokud obsahují hodně guaninu. Při reakci in vitro štěpí každou DNA jen jednou, neboť ji při štěpení methylují. Štěpí pouze methylovanou DNA. Štěpí pouze jednovláknové palindromatické sekvence. Štěpí DNA na různě dlouhé fragmenty. Délka fragmentu závisí na délce rozpoznávané sekvence.

Prohlédněte model a rozhodněte, která tvrzení mohou být správná. Neočekávejte záludnosti. Atomy dusíku a kyslíku jsou tmavší, než uhlík. Atomy vodíku nejsou zobrazeny. "3+4" je histidin. "4" je tryptofan. Molekula je guanosin-5',3'-tetrafosfátu (ppGpp). "3" značí deoxyribózu. "3" značí ribózu. "4" je uracil. "2" je ATP vázané na DNA-helikázu ("1+1+1+1+3+4"). "4" je guanin. Na fosfátové skupiny "1" je vázán jeden kationt "2". Molekula je cytidin-5'-difosfát-3'-difosfát.

Jaký typ "stacking" interakce se nejvíce uplatňuje v dvoušroubovici DNA mezi patry bází?. A. B. C. D.

Prohlédněte si jednotlivé nakreslené struktury. Soustřeďte se i na prostorové uspořádání vazeb. Vodíky vázané na uhlík mohou v nákresech chybět. Která z nich NENÍ běžná aminokyselina v proteinech?. A. B. C. D. E. F. G. H.

Spektrofotometrie proteinů - co je pravda?. Množství světla, které projde kyvetou, závisí lineárně na koncentraci rozpuštěné látky. U proteinů se měří absorpce většinou v UV oblasti. Při 220 nm absorbuje v proteinech peptidová vazba. Čím je aromatická molekula větší, tím více absorbuje. Při 300 nm absorbuje v proteinech téměř výhradně tryptofan. Množství světla, které projde kyvetou, závisí exponenciálně na koncentraci rozpuštěné látky. Absorbance vzorku je ovlivněna koncentrací látky a její molekulární strukturou. Při 220 nm absorbuje v proteinech téměř výhradně tryptofan. Při 280 nm absorbují aromatické aminokyseliny.

Gelová elektroforéza proteinů s použitím SDS (SDS-PAGE). Co platí?. Rozděluje proteiny hlavně podle jejich tvaru. Rozděluje proteiny hlavně podle jejich náboje. Využívá gelu z mořských řas. Většinou se při (před) ní proteiny denaturují. SDS většinou naruší proteinové komplexy. SDS proteiny stabilizuje v nativní konformaci. Rozděluje proteiny podle počtu podjednotek. Rozděluje proteiny hlavně podle molekulové hmotnosti. Rozděluje proteiny podle posttranslačních modifikací. SDS proteinům uděluje rovnoměrný kladný náboj.

Na čem je založena biuretová reakce? Kčemu se její modifikace používá?. Koordinace iontů Cu2+. stanovení koncentrace proteinů, výhodou je malý vliv jejich sekvence.

Co platí o analytické ultracentrifugace. Monodisperzní látku poznáme, protože vytváří jednu zónu nebo jedno plynulé rozhraní v kyvetě. Gradienty CsCl se nemusí předem chystat, vytvoří se v kyvetě při velkém zrychlení sám. Pokud naléváme hustotní gradient, můžeme použít dvě spojené zásobní nádoby s různou hustotou náplně. Gradient CsCl a centrifugace do rovnovážného stavu slouží pro detekci různých molekul, které se liší hlavně podle hustoty.

Co platí o gelové filtraci?. dá se použít pro výměnu pufru. Rozděluje proteiny podle molekulové hmotnosti. Slouží např. k odstranění agregátů iontoměničů. Proteiny při ní putují rychleji než chloridodvé ionty.

Co platí o stavbě jednoduchých volných atomů. Přechod elektronu na nižší energetickou hladinu je doprovázen emisí elektromagnetického záření. Atomy absorbují a emitují světlo o zcela přesných vlnových délkách, které vypovídají o struktuře atomu. Nejpevněji jsou v atomu vázány elektrony, které jsou nejdál od jádra, protože mají nejnižší energii. Atomy vzácných prvků mají vysokou hodnotu první ionizační energie, proto snadno tvoří ionty. Při zaplňování jedné určité slupky elektrony se postupně zvětšuje velikost atomu. Elektrony v orbitalech mohou získávat vyšší energii například absorpcí fotonů. Hundovo pravidlo říká, že degenerované orbitaly se zaplňují vždy dvojicí elektronů s opačným spinem. Valenční elektrony všech prvků jsou v orbitalech typu d.

Stavba atomu. Co platí?. Všechna jádra atomů jsou tvořena protony a neutrony. Většina hmotnosti atomu je tvořena elektronovým obalem. Energie elektronu se zvyšuje, pokud je dál od jádra. Největší hustota elektronů je v těsné blízkosti jádra. Náboj elektronu je asi -1,602 C.

Pozorování Cirkulárního Dichroismu na proteinech... Vypovídá o sekundárních strukturách v proteinu. Znamená rozdílnou schopnost absorpce lineárně a cirkulárně polarizovaného světla. Měří se většinou ve viditelné oblasti spektra. Vypovídá hlavně o terciální struktuře proteinu. Neumožňuje sledovat sbalování ani denaturaci proteinu. Znamená rozdílnou schopnost absorpce levotočivého a pravotočivého světla.