způsoby přírodovědy velmi malých rozměrů

Které enzymy nejsou součástí restrikčně-modifikačních systémů bakterií?. a) DNA polymerázy. b) DNA metyltransferázy. c) RNázy. d) Restrikční endonukleázy.

Amplikon: a) Replikovaná DNA. b) Produkt PCR. c) Templát. d) Pár primerů.

Co je to templát?. a) Amplifikovaná DNA. b) Produkt PCR reakce. c) Molekula DNA, která slouží jako vzor pro tvorbu její kopie. d) Oligonukleotid.

Hmotnostní spektrometrie rozlišuje částice podle: Rozdílu hmotnosti. Poměru náboje a povrchu. Poměru hmotnosti a náboje. Četnosti iontů.

Které enzymy nejsou součástí restrikčně-modifikačních systémů bakterií?. DNA polymerázy. DNA metyltransferázy. RNázy. Restrikční endonukleázy.

Vyjádřením afinity je hodnota?. Tm. Náboj proteinu. Kd. Velikost proteinu.

K čemu se využívá SDS-PAGE?. K rozdělení proteinů dle molekulové hmotnost. K rozdělení proteinů dle tvaru. K rozdělení proteinů dle hustoty náboje. K rozdělení proteinů dle počtu disulfidových vazeb.

Co je to templát?. Amplifikovaná DNA. Produkt PCR reakce. Molekula DNA, která slouží jako vzor pro tvorbu její kopie. Oligonukleotid.

K připojení fosfátové skupiny (fosforylaci) k substrátu se obecně využívá enzymů: Nukleáz. Polymeráz. Fosfatáz. Kináz.

Kterou látku lze použít při precipitaci DNA jako nosiče pro lepší výtěžek?. Chloroform. tRNA. octan sodný. ethanol.

Jaká metoda se používá pro separaci proteinů před Westernovým přenosem?. SDS-PAGE. Nativní PAGE. Elektroforéza v agarozovém gelu. Imunodetekce.

K optimální separaci produktů štěpení plazmidu o velikosti 4kbp restriktázou štěpící na dvou vzdálených místech využijí: ?. Nativní PAGE s 10% obsahem PA. Denaturační PAGE s 20% obsahem PA. SDS-PAGE. Agarozové elektroforézy s 1-2% agarozou.

Která značka není používána jako TAG?. Proteáza A. GFP. GST. MBP.

K přípravě jednořetězcové DNA z dvouřetězcové enzymatickou cestou lze využít: Exonukleáza fága lambda při existenci jednoho 5‘ PO3 konce ve dvouřetězci DNA. Nukleáza EXOIII při existenci recesivního 3‘ OH konce ve dvouřetězci DNA. Exonukláza fága lamba při existenci 5‘ OH konce ve dvouřetězci DNA. Nukleáza EXOIII při existenci recesivního 5‘ PO3 konce ve dvouřetezci DNA.

Při přípravě cDNA knihovny z transkriptomu využíváme sledu reakcí: Izolace RNA-rozštěpení DNázou I- reverzní transkripce-amplifikace DNA PCRúprava konců restriktázou- ligace vektoru- ligázou. Amplifikace DNA PCR- rozštěpení DNázou I- reverzní transkripce-úprava konců restriktázou-ligace do vektoru ligázou- izolace RNA. Izolace RNA- amplifikace PCR- úprava konců restriktázou- reverzní transkripceligace do vektorů ligázou- rozštěpení DNA DNázou I. Izolace RNA → reverzní transkripce → amplifikace DNA PCR-rozštěpení DNA DNázou I- úprava konců restriktázou- ligace do vektoru ligázou.

Který krok není součástí imunoprecipitace?. Filtrace. Precipitace. Eluce. Promytí.

Jaká forma plasmidové DNA putuje v agarozovém gelu nejrychleji?. Otevřená kružnicová. Superhelikální. Lineární. Všechny putují stejně rychle.

V jakém rozmezí (ve Svedbergových jednotkách) se pohybují sedimentační koeficienty biomakomolekul?. 1000-10000 S. 100-10000 S. 100-1000 S. 1-100 S.

Mezi tzv. next-generation sequencing platformy se neřadí: SOLiD. SMRT/PacBio. Oxford NanoPore. Illumina.

Při zahřívání dsDNA dochází k. Denaturaci- tvorbě dsDNA ze dvou molekul ssDNA. Denaturaci- tvorbě dvou molekul ssDNA. Renaturaci- tvorbě dvou molekul ssDNA. Renaturaci- tvorbě dsDNA ze dvou molekul ssDNA.

Vyberte faktory, které ovlivňují pohyblivost proteinů v nedenaturačním gelu. Hustota náboje. Tvar. Koncentrace akrylamidu. Velikost.

Která látka snadno proniká do živých eukaryotických buněk?. Žádná z možností není správná. WST1. MTT. MTS.

Jak se nazývá metoda využívající hybridizace vzorků, nanesených na membránu ve formě teček, se značenou sondou?. DNA microarray. Dot blot. Southern blot. Fluorescenční in situ hybridizace.

Které testy patří do skupiny testů viability?. Testy změn integrity membrán. Testy metabolické aktivity. Klonogenní testy. Elektroforetické testy.

Specifickým partnerem pro interakci s biotinem je: Avidin. Steptovidin. Streptavidin. Biovidin.

Produkty štěpení DNA restrikčními endonukleázami mohou mít obecně: G-bohaté konce. Pouze kohezní (sticky) konce. Tupé nebo kohezní konce. Pouze tupé (blunt) konce.

Pro FRET musí být donorové a akceptorové molekuly od sebe vzdáleny typicky: 0-1 A. 100-500 A. 10-100 A. 10-100 nm. 1-10 nm.

V jakém médiu bývají kultivovány buňky při klonogenních testech?. DMEM médium. Agarové misky. RPMI médium. Polotekutý agar.

Metoda fluorescenční polarizace využívá na vstupu: Lineárně polarizovaného světla. Rozptýleného světla. Depolarizovaného světla. Odraženého světla.

Co je prvním krokem při RT- PCR?. Reverzní transkripce. Štěpení RNA. Reverzní translace. Polymerace při pokojové teplotě.

Jaký typ přenosu (blotu) se používá pro přenos proteinů?. Easternův. Northernový. Southernový. Westernový.

K jakým procesům dochází při stabilní transfekci?. DNA se nezačleňuje do genomu. V jedné buňce se většinou nenachází více kopií transgenu. V jedné buňce se nachází vyšší počet kopií transgenu. DNA se začleňuje do chromozomu.

Která z metod není vhodná na studium protein-protein interkací?. Imunoprecipitace. SPR. FRET. RT-PCR.

K čemu dochází pro PCR při vysokém počtu cyklů?. Dochází ke vzniku nespecifických PCR produktů, vyčerpání komponent reakce, degradaci DNA- polymerázy i DNA. Dochází k obrácenému průběhu PCR. Dochází k prodloužení PCR produktů. Dochází k degradaci PCR produktů.

Pro stanovení síly integrace protein-DNA jsou vhodné metody: X-ray. ITC. SPR. EMSA.

Nejobvyklejším kofaktorem DNázy I pro náhodné štěpení je: Mg 2+. Zn 2+. K+. Ca 2+. Mn 2+.

Jaké látky se používají pro eluci his tagovaných proteinů z kolony HisTrap?. Glutathion. GST. Nízké pH. Imidazol.

Která z těchto molekul DNA má nejvyšší vznášivou hustotu?. Zastoupení bází v DNA nemá vliv. DNA bohatá na A/T. DNA bohatá na G/C. DNA bohatá na A.

Vysokoafinitní interakce mezi DNA-proteiny jsou v rozmezí Kd: nM-μM. mM-M. μM-mM. nM-mM.

Sekvence syntézou /polymerací využívají tyto sekvenční metody/platformy: Illumina. (Oxford) NanoPore. Tzv. Maxam-Gilbertovo sekvenování. Tzv. Sangerovo sekvenování (+ pyrosekvenování ).

MBP je protein vážící: Malé proteiny. Manosu. Maltozu. Mukozu.

Elektroforetická metoda využívaná pro srovnání exprese souboru proteinů za různých podmínek se označuje: TEMED. 2D-DIGE. Diferenční dvourozměrná gelová elektroforéza. Pulzní gelová elektroforéza.

Čeho je potřeba dosáhnout ve 2. kroku purifikace proteinů?. Získání hustého homogenitu nebo extraktu s většímu i menšími molekulami z cytosolu. Získání organel v neporušeném stavu. Rozbití buněk nebo tkáně. Získání suspenze buněk nebo tkáně.

Jakým způsobem může být naznačena sonda pro hybridizaci nukleových kyselin?. Radioaktivně, fluorescenčně nebo enzymaticky. Jen enzymaticky. Jen fluorescenčně. Jen radioaktivně.

FPLC používá nejčastěji pro detekci proteinů: VIS-detektor. Detektor vodivosti. UV detektor. Detektor FAC.

Izoelektrický bod proteinu udává. pH při které se protein denaturuje. teplotu při které je protein nabitý. pH při kterém je celkový náboj proteinu nulový. oblast proteinu s nejvyšším lokálním pozitivním nábojem.

Jaké látky NELZE použít pro vytvoření gradientního roztoku?. Ribozomální podjednotky. Nukleové kyseliny. Sacharóza. Percoll.

Držitelem nobelovy ceny za vývoj systému CRISPR/Cas9 je i: J. Doudna. E. Charpentier. T. Cech. J. Watson.

Který z těchto enzymů nepatří mezi nukleázy: DNáza I. T4 polynukleotid kináza. EcoRV. Cas9.

Jaké látky je možné využít pro nespecifické obarvení všech proteinů v gelu?. Dusičnan stříbrný. Protilátky. Coommassie Brillant Blue G. Ponceau S.

Při Sangerově sekvenování se využívá zastavení syntézy DNA pomocí modifikovaných nukleotidů: 2‘, 3‘-dideoxy NTP. 7- deaza dNTP. 5- methyl dNTP. 2-amino dNTP.

Polymerace polyakrylamidových gelů je iniciována: TEMED (tetrametylen diamin). EDTA (etylendiamintetraacetát). APS (amonium persulfát). SDS (sodium dodecylsulfát).

Pull down assay se používá na: Izolaci nespecifických proteinů pomocí proteinu G. Izolaci nespecifických proteinů pomocí proteinu A. Izolaci specifických proteinů pomocí Ab. Izolaci proteinů imunitní odpovědi.

Vyberte geny, které patří mezi reportérové geny. Geny pro chloramfenikol defosforylázu. Geny pro beta-glukuronidázu. Geny pro hygromycin esterifikázu. Geny pro luciferázu.

RNA sloužící jako lokalizační součást komplexu CRISPR/Cas9 se nazývá: Transfer RNA. Messenger RNA. Guide RNA. Micro RNA.

Vyberte NEpravdivá tvrzení týkající se monoklonálních protilátek. Získávají se ze séra imunizovaných laboratorních zvířat. Reagují s více epitopy. Jsou specifické pouze k jednomu epitopu. Jsou produkovány pomocí hybridomů.

Grafickým znázorněním četnosti iontů na hodnotě m/z je: Hmotnostní spektrum. Klenowův fragment DNA plot I. Dnáza I. Grafické spektrum.

Na čem závisí rychlost sedimentace částic při izopyknické centrifugaci. Hustotě částic. Hmotnosti částic. Tvaru částic. . Náboji částic.

Co je to multiplex PCR?. PCR s jedním párem primerů. PCR s více páry specifických primerů. PCR s více DNA plymerázami. PCR s více RNA plymerázami.

Imunofluorescence využívá protilátky značené s: Chemochromem. Imuochromem. Chluorochromem. Fluorochromem.

K čemu slouží dodecylát sodný při přípravě vzorků pro SDS- PAGE?. Eliminaci disulfidových vazeb v proteinech. Zachování disulfidových vazeb v proteinu. Zamaskování vlastního náboje proteinu. Denaturaci proteinu.

Která z těchto látek slouží k enzymatickému štěpení buněčných membrán?. Dodecylsíran sodný (SDS). Triton X-100. Lysozym. Bovinní sérový albumin (BSA).

Izokaudemery jsou: Restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa, ale vytvářejí odlišné konce. Restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa a vytvářejí stejné konce. Restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa a vytvářejí odlišné konce. Restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa, ale vytvářejí stejné konce.

Jaké je přibližné zastoupení mRNA v celkové RNA buňky?. 5%. 80%. 50%. 10-20%.

Pro separační superhelikální plasmidové DNA pomocí zonální centrifugace lze využít: Gradientu dextrozy. Gradientu sacharózy. Gradientu percollu. Gradientu CsCl/EtBr.

Jaký typ přenosu (blotu) se používá pro přenos RNA?. Easternův. Northernový. Westernový. Southernův.

Kolikrát byl (v průměru) jeden nukleotid/ oblast DNA osekvenován (získána informace o jeho primární struktuře) označuje?. Pokrytí (coverage). Čtení (read). Knihovna (library). Hloubka (seq. depth).

Z jakého materiálu je membrána používaná při Southernově nebo Northernovém přenosu?. Nylon. PVC. Nitrocelulóza. PVDF.

Za výzkum elektroforézy obdržel Nobelovu cenu. Arthur Kornberg. Frederick Sanger. Arne Tiselius. Linus Pauling.

Obecně nejvyšší délku čtení (délku jednoho osekvenovaného fragmentu DNA) poskytuje metoda/platforma. SoliD. (Oxford) NanoPore (+ SMRT- pacific biosciences). Illumina. Sangerovo sekvenování pomocí kapilárního sekvenátoru.

Mezi hlavní DNA vazebné domény patří. Zinc-thumb. Helix-turn-helix. Turn. Zinc-finger.

Pro kvantitativní stanovení protein-protein interakcí lze použít metody: IP. Fluorescenční anizoterapie. WB. SPR.

. Pro spojení fragmetnů DNA po restrikčním štěpení je výhodné mít: Komplementární kohezní konce. Telemetrické konce. Nekomplementární kohezní konce. Jeden konec tupý a jeden kohezní.

Čeho je potřeba dosáhnout ve 3. kroku purifikace proteinů?. Získání suspenze buněk nebo tkáně -1.krok. Získání hustého homogenitu nebo extraktu s většímu i menšími molekulami z cytosolu. Získání organel v neporušeném stavu. Rozbití buněk nebo tkáně – 2. krok.

Vazby proteinů na DNA se účastní. Peptidová vazba mezi Arg a guaninem. Vodíková vazba mezi Arg a Guaninem. Vodíková vazba mezi Gln a Adeninem. Peptidová vazba mezi Gln a Adeninem.

Co se děje v prvním kroku PCR cyklu při denaturaci DNA?. PCR reakční směs se zahřeje na 94-96°C a oba DNA řetězce se oddělí. PCR reakční směs se ochladí na 4°C, což umožní oddělení DNA řetězců. PCR reakční směs se zahřeje na 72°C a DNA-polymeráza přidává nukleotidy k 3‘ koncům. PCR reakční směs se ochladí na 50-65°C, což umožní primerům se navázat na ?.

Vyberte správné tvrzení o FRET: Emisní spektrum akceptoru se musí překrývat s absorbčním spektrem donoru. Absorbční spektrum akceptoru se musí překrývat s emisním spektrem donoru. Orientace dipolu donoru a akceptoru musí být přibližně antiparalelní. Orientace dipolu donoru a akceptoru musí být přibližně paralelní.

Jak se nazývá metoda využívající vazby značených sond a mikroskopie, kterou lze využít pro lokalizaci nukleových kyselin v buňkách?. Southern blot. Dot blot. Dna microarray. Fluorescenční in situ hybridizace.

Při izoelektrické fokusaci se využívá gelu s gradientem. Koncentrace polyakrylamidu. pH. teploty. koncentrace Na+ inotů.

Při iontoměničové chromatografii je vazba proteinu na matrix závislá na: pH. Interakci enzym-substrát. Velikosti proteinů. Iontové síle.

Jaké bude průměrné pokrytí při sekvenaci celého haploidního lidského genomu (3mld. Párů bází) pomocí plně využité platformy HiSeq X. 10. 6. 84. 2.

Jaký je základní postup při precipitaci DNA?. Přidání octanu sodného, 2. přidání 100% ethanolu, 3. promývání 80% ethanolem, 4. odebrání supernatantu a rozpouštění DNA. Přidání 100% ethanolu- promývání 80% ethanolem- přidání octanu sodnéhoodebrání supernatantu a rozpuštění DNA. Přidání octanu sodného- přidání 80% ethanolem- promývání 100% ethanolem- odebrání supernatantu a rozpuštění DNA. Přidání 80% ethanolu- promývání 100% ethanolem- přidání octanu sodnéhoodebrání supernatantu a rozpuštění DNA.

Který z těchto enzymů nepatří mezi deoxyribonukleázy?. RNáza H. Restrikční endonukleáza Smal. DNáza I. Nukleáza S1.

K internímu značení řetězce DNA, tzv. nick-translaci, lze využít enzymu: DNA polymeráza I. Klenowův fragment DNA pol I. T4 DNA ligáza. DNáza I.

Mezera (gap) v případě struktury nukleových kyselin /biotechnologií označuje: Jednořetězcový koncový přesah dvouřetězcové molekuly. Místo vazby enzymu DNáza I. Delší jednořetězcovou oblast v rámci dvouřetězcové molekuly. Sekundární strukturu DNA nebo RNA harakterizovanou tvorbou guninových ….

Podle velikosti proteinů lze separovat prostřednictvím: Iontoměničové chromatografie. Afinitní chromatografie. Gelové chromatografie. sloupcové chromatografie.

Afinitní značka oligo His6 má sekvenci: HHHHHH. HH. GKPIPI. YPYDVP.

Podle jaké vlastnosti se proteiny separují při SDS-PAGE?. Hustota náboje. Tvar. Vlastní náboj proteinu. Molekulová hmotnost.

Z jaké bakterie byla vyizolována první restrikční endonukleáza (Hindll). Escherichia coli. Haemophilus influenzae. Deinococcus radiodurans. Chlamydia trachomatis.

Náboj nukleových kyselin za fyziologického pH je dán: Přítomností atomu kyslíku v heterocyklu (deoxy)ribozy. Množstvím asociovaných molekul vody. Přítomností fosfátové skupiny v cukr-fosfátové páteři. Přítomností aminoskupin dusíkatých bází.

Celkový náboj proteinu v příslušném pH je dán: Součtem aktuálních nábojů jednotlivých aminokyselin. Sekundární strukturou proteinu. Přítomností etanolu v roztoku proteinu. Obsahem glycinu a alaninu v proteinu.

Jaké jsou hlavní kroky PCR cyklu?. Nasedání primerů (annealing). Degradace primerů (annealing). Prodloužení DNA řetězce (extension). Denaturace DNA.

Na jakou oblast protilátky se váže protein A?. CL. VL. CH. FC.

Neoschizomery jsou: restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa a vytvářejí stejné konce. restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa, ale vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa a vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa, ale vytvářejí stejné konce.

Pro analýzu genové translace je možné použít: IP. RT-PCR. WB. ELISA.

Jakými způsoby může být značena sekundární protilátka. křenovou peroxidázou. fluorescenční značkou. žádná z možností není správná. alkalickou fosfatázou.

Průtokové cytometrie lze použít pro analýzu buněčného cyklu díky: fluorescenčnímu barvení DNA. imunofluorescenčnímu barvení membrán. fluorescenčnímu barvení lipidů. imunohistochemickému barvení proteinů.

Detekce jednotlivých tkáňových antigenů pomocí specifických primárních protilátek využívá metod?. Imunoelektrochemie. Imunologie. Imunohistochemie. imunofluorescence.

Jaký typ molekul je přenášen při Northernovém přenosu. DNA. DNA i RNA. RNA. proteiny.

Principiální rozdíly mezi tzv. next generation a 3rd generation sekvenováním jsou: pro NGS jsou fragmenty vstupující do sekvenace amplifikovány, pro 3rd gen. ne. 3rd gen. poskytuje velmi dlouhá čtení, oproti relativně krátkým v případě NGS. 3rd gen. je vždy založeno na sekvenaci syntézou, NGS ne. nejsou žádné.

Jaké postupy lze využít pro rozbití buněk nebo tkáně ve 2. kroku purifikace proteinů?. použitím detergentu na perforaci plasmatické membrány. protlačením buněk malým otvorem. rozbitím buněk těsnícím rotačním pístem v tlustostěnné nádobce. rozbití ultrazvukem.

Které metody patří mezi biochemické metody sloužící k přenosu DNA do buněk?. transfekce za použití virových vektorů. transfekce zprostředkovaná fosforečnanem vápenatým. transfekce elektroporací. transfekce lipofekcí.

Na dvoudimenzionální elektroforéze separujeme ve dvou směrech proteiny podle. izoelektrického bodu a velikost. izoelektrického bodu a teploty tání. velikosti a teploty tání. velikosti a tvaru.

K čemu slouží Westernův přenos?. rozdělení proteinů v gelu dle molekulové hmotnosti. přenosu proteinů rozdělených elektroforézou z membrány na gel. přenosu proteinů rozdělených elektroforézou z gelu na membránu. odbarvení proteinů.

Zkratka ITC vyjadřuje. ionizační termální kalorimetrii. ionizační termální kalorimetrii. izotermální titrační kalorimetrii. izotermickou termální kalorimetrii.

Nejčastější využití termostabilních DNA polymeráz je při: nick-translaci. terminálním značení DNA. polymerázové řetězové reakci (PCR).

Které skupiny můžeme řadit mezi obvyklé donory při FRET?. Cy3. GAL4. Streptavidin. Fluorescein.

Která metoda se využívá pro přenos DNA do bakteriálních buněk?. transfekce. centrifugace. transformace. sonikace.

čemu slouží hodnota IC50?. Ke stanovení testovaných látek, které jsou schopné inhibovat určitý biologický proces právě u 50 různých buněčných linií. Ke stanovení koncentrace testované látky, která je schopná stimulovat určitý biologický proces právě u 50 různých buněčných linií. Ke stanovení koncentrace testované látky, která je schopna inhibovat určitý biologický právě na polovinu. Ke stanovení koncentrace testované látky, která je schopná stimulovat určitý biologický právě o polovinu.

K čemu slouží dodecylsulfát sodný při přípravě vzorků pro SDS-PAGE?. zamaskování vlastního náboje proteinu. eliminaci disulfidových vazeb v proteinech. zachování disulfidových vazeb v proteinu. denaturaci proteinu.

Pro studium funkčnosti regulační oblasti genu lze použít: kvasinkový dvouhybridní systém. Sangerovo sekvenování. centrifugace. luciferázový reporterový test.

Jakou minimální sekvenační kapacitu potřebujete pro osekvenování genomu E. coli (4,6 mil. Párů bazí) s průměrným pokrytím 8?. cca 37 mil. pb. cca 4,6 mil. pb. cca 1000 mil. pb. 0,57 mil. pb.

Která z metod je denaturační?. ultracentrifugace. MS analýza. imunoprecipitace. cryoEM.

Které z těchto enzymů patří mezi deoxyribonukleázy?. restrikční endonukleáza Smal. DNáza I. Nukleáza S1. RNáza H.

Jaký roztok se používá při izolaci RNA pomocí fenol-chloroformové extrakce?. Guanidium thiokyanát: fenol : chloroform, pH 4,5. Guanidium thiokyanát: fenol : chloroform, pH 8,0. Fenol : chloroform : isoamylalkohol, pH 4,5. Fenol : chloroform : isoamylalkohol, pH 8,0.

K separaci se proteinů obvykle využívá: PAGE s 20 % obsahem PA. SDS-PAGE. agarozové elektroforézy s 1% agarozou. pulsní gelové elektroforézy.

Který z těchto enzymů patří mezi restrikční endonukleázy?. Bal31. Nukleáza S1. EcoRV. DNáza I.

Které enzymy jsou součástí restrikčně-modifikačních systémů bakterií?. DNA polymerázy. RNázy. DNA metyltransferázy. restrikční endonukleázy.

Metody PLA využívá pro detekci komplexů: hybridizaci. centrifugaci. elektroforézu. imunoprecipitaci.

Která z těchto molekul DNA má nejnižší vznášivou hustotu?. DNA bohatá na G/C. DNA bohatá na G. DNA bohatá na A/T. zastoupení bazí v DNA nemá vliv.

Které metody mohou být využity pro přenos DNA do buněk?. transformace. centrifugace. transfekce. elektroporace.

Sekvenační metoda sloužící pro kvantifikaci RNA při analýze transkriptomu se označuje: ChIP seq. targeted resequencing. whole genome sequencing. RNA seq.

Izokaudamery jsou: restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa a vytvářejí stejné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa a vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa, ale vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa, ale vytvářejí stejné konce.

Jaký typ přenosu (blotu) se používá pro přenos DNA?. Westernový. Southernův. Earstenův. Northernový.

Které jsou hlavní komponenty PCR?. templátová DNA. Taq DNA polymeráza. DNáza I. reakční pufr.

Tzv. protein-DNA Footprinting je založeno na detekci: DNA sekvence chráněné proteinem před účinkem DNásy I. detekci pyrofosfátu uvolněného při syntéze DNA prostřednictvím luciferázy. DNA polymerázy při syntéze prostřednictvím luciferázy. průchodu sekvenované molekuly hemolysinovým pórem a detekci elektrického signálu.

Která z těchto metod není založena na využití hybridizace nukleových kyselin?. testy komplementarity sekvencí. Westernový přenos. lokalizace genů na chromozomech. analýza genové exprese.

Principiálním výsledkem sekvenačního experimentu je informace o: pořadí (deoxy)ribonukleotidů v molekule DNA nebo RNA. primární struktuře DNA nebo RNA. délce DNA nebo RNA řetězce. sekundární struktuře DNA nebo RNA.

Jaké částice lze při diferenciální centrifugaci oddělit?. heterogenní částice v homogenním roztoku. heterogenní částice v heterogenním roztoku. homogenní částice v homogenním roztoku. homogenní částice v heterogenním roztoku.

Zkratka PLA znamená: polymerase luminiscence assay. proximity ligation assay. polymerase ligation assay. polymerase luciferase assay.

Pro afinitní purifikaci proteinů s GST je jako imobilizovaný interakční partner použit: glutathion. streptavidin. chelát niklu. biotin.

Čeho je třeba dosáhnout v 1. kroku purifikace proteinů?. získání hustého homogenitu nebo extraktu s většími i menšími molekulami z cytosolu. získání suspenze buněk nebo tkáně. rozbití buněk nebo tkáně. získání organel v neporušeném stavu.

Fragmenty nukleových kyselin o velikosti v řádech stovek kbp bychom nejlépe separovali pomocí: agarozové elektroforézy s 1% agarozou. pulsní gelové elektroforézy. SDS-PAGE. PAGE s 20% obsahem pA.

Jaký typ plasmidové DNA putuje v agarozovém gelu nejrychleji: otevřená kružnicová. lineární. superhelikální. všechny putují stejně rychle.

Který krok je vynechán u metody AlphaLISA při porovnání s metodou ELISA?. promývání. vazba druhé protilátky na protein. vazba druhé protilátky. vazba proteinu na první protilátku.

Izoschizomery jsou: restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa a vytvářejí stejné konce. restrikční enzymy, které štěpí stejná cílová místa, ale vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa a vytvářejí odlišné konce. restrikční enzymy, které štěpí odlišná cílová místa, ale vytvářejí stejné konce.

Pro separaci buněčných organel pomocí zonální centrifugace lze využít: gradientu dextrózy. gradientu CsCl/EtBr. gradientu Percollu. gradientu sacharózy.

Kolik cyklů nejčastěji mívá PCR?. PCR mívá nejčastěji 45-55 cyklů. PCR mívá nejčastěji 5-15 cyklů. PCR mívá nejčastěji 25-35 cyklů. PCR mívá nejčastěji 15-25 cyklů.

Tzv. SOLiD sekvenování je založeno na: průchodu sekvenované molekuly hemolysinovým pórem a detekci elektrického signálu. detekci pyrofosfátu uvolněného při syntéze DNA prostřednictvím luciferázy. postupné ligaci fluorescenčně značených oktamerních oligonukleotidových sond. inkorporaci fluorescenčně značených terminátorů polymerace a snímání fluorescence.

Restrikční endonukleázy štěpí: jednořetězcovou DNA. dvouřetězcovou DNA. jednořetězcovou RNA. jednořetězcovou a dvořetězcovou DNA.

Pro frakcionaci buněk dle určitých vlastností lze využít metody: konfkální mikroskopie. FACS. FRET. PCR.

DNA ve stejnosměrném el. poli. putuje k anodě. nepohybuje se. denaturuje. pohybuje se ke katodě.

Pro doplnění delta přesahů je možné použít. Klenowovu polymerázu. S1 nukleázu. DNA ligázu. nelze doplnit.

Pro denaturaci proteinů při denaturační PAGE se používá. nízké pH a vysoká teplota. vysoká koncentrace soli. dodecylsulfát sodný a vysoká teplota. močoviná a ultrazvuk (sonikace).

Jaký typ plazmidové DNA putuje v agarozové gelu (při elektroforéze) nejpomaleji. poškozená s jednořetězcovým zlomem. linearizovaná. superhelikální. všechny putují stejně rychle.

Pro snadné přesné spojení dvou fragmentů DNA je vhodné mít. oba spojované konce přečnívající. oba spojované konce ošetřené DNA – fosfátázámi. oba spojované konce tupé. jeden tupý a druhý přečnívající.

Exonukleázy štěpí polynukleotidy. vnitřní molekuly. z konců molekul. v náhodných sekvencích. v specifických sekvencích.

Pro převod jednotek rcf a rpm při centrifugaci je potřebné znát. poloměr rotoru. dostředivou sílu. uhlovou rychlost.

Pro separaci různých proteinů lze využít. diferenciální centrifugaci: směs heterogenních částic v homogenním roztoku, sedimentace částic s významně odlišnou velikostí – sedimentace různou rychlost. centrifugaci v sacharóze. centrifugaci v gradientu chloridu cesného.

.Metoda separace molekul v gelu s pH gradientem na základě jejich pI se nazývá. sDS PAGE. izoelektrická fokusace. izotachoforéza.

Pro stanovení jednonukleotidového genového polymorfizmu je nejlepší. FISH. PCR – RFLP. imunoblotting. ELISA.

DNázá 1 štěpí. primárně dsDNA. ssDNA a dsDNA. primárně ssDNA.

Co jsou to schizomery. restrikční enzymy které štěpí odlišná cílové místa. restrikční enzymy, které štěpí stejné cílové místa, ale mají odlišný typ štěpení a jsou z jiných bakterií. restrikční enzymy, které štěpí stejné cílové místa.

Společná teplota Tm oligonukleotidů je 65 °C. Ta = ?. stejná. nezáleží. vyšší o cca 3 - 5 °C. nižší o cca 3 - 5 °C.

K čemu je možné využít testy viability. K testování chemosenzitivity nádorových buněk. Ke stanovení cytotoxického efektu léčiv. Ke stanovení proapoptického efektu léčiv.

4 metody izolace DNA.

4 způsoby transfekce buněk.

Co barví coomassie blue.

Co je to hvězdičková aktivita (star activity).

Co je to thermocycler.

Co může způsobovat tzv. hvězdičkovou aktivitu restrikčních enzymů.

Co se používá pro stanovení účinnosti transfekce:

Co znamená zkratka PCR?.

Hodnota g=(9,81) odpovídá.

Jak se nazývá metoda, kterou lze využít pro analýzu exprese genů, využívající fluorescenční detekci hybridizovaných úseků NK na mikropodložce:

Jaké jsou základní výhody MTT testu (4).

Jaké sekvence nejčastěji štěpí restrikční enzymy?.

Jaký je základní postup při izolaci DNA na kolonce? (4).

Jaký typ RNA lze vyizolovat pomocí magnetických kuliček s navázanou d(T25) sekvencí. tRNA. mRNA. rRNA. dsRNA.

K barvení NK v gelu se standardně NEPOUŽÍVÁ.

K čemu slouží závěrečná extenze:

Kromě CRISPR/Cas systému jsou dalšími systémy pro přímou editaci genomu buněk. ZFN. TALENs. RNAi. PCR.

Která z těchto metod nepatří mezi klasické možnosti naznačení sondy pro hybridizaci NK ?. Značení pomocí přesunu jednořetězcového zlomu. Koncové značení. Značení pomocí náhodných hexanukleotidů. Amplifikace pomocí PCR.

Které buňky jsou schopné redukovat MTT?.

Metoda využívající protilátky FACS znamená:

Mezi typické sekvenační experimenty patří tzv.:

Pomenujte typ přenášaných molekul Southernových Westernových Northernových.

Elektroforézu lze využít pro: Stanovení primární struktury proteinů. Stanovení sekundární struktury proteinů. Stanovení pH makromolekul. Stanovení vznášivé hustoty makromolekul.

Proteiny se při izoelektrické fokusaci rozdělují podle svého: pH. pI. pKa. pKb.

Pro hyperchromní efekt platí: Při postupném zahřívání dsDNA dochází ke zvyšování absorbance při vlnové délce 260 nm. Při postupném ochlazování ssDNA dochází ke zvyšování absorbance při vlnové délce 260 nm. Při postupném zahřívání dsDNA dochází ke snižování absorbance při vlnové délce 260 nm. Při rychlém ochlazení ssDNA dochází ke snížení absorbance při vlnové délce 260 nm.

Metoda využívající tohoto typu uspořádání protilátek se nazývá: Westernův přenos. ELISA. Imunoprecipitace. Hybridizace in situ.

Pro doplnění 3´ přesahů lze použít. Klenowovu polymerázu. S1 nukleázu. DNA ligázu. nelze doplnit.

S jakou pravděpodobností se bude v náhodné, nekonečně dlouhé sekvenci DNA vyskytovat štěpící místo pro Abst (CCTCGAGG) restriktázu?. 1:8. 1:32. 1:4 096. 1:65 536.

Pro reverzibilní denaturaci DNA NELZE použít. Vysokou teplotu. Vysoké pH. Močovinu. Ultrazvuk.

Pro přesnou lokalizaci proteinů v buňce můžeme použít. Westernův přenos. Imunodetekci in situ. Proteinové čipy. Konfokální mikroskopii.

Dna dependentní DNA polymeráza polymeruje nukleotidy k primeru vždy pouze ve směru. 5´- 3´. 3´- 5´. v obou směrech. v žádném směru.

Od kterého cyklu začínají ve správně fungující PCR reakční směsi vznikat první amplikony. od 15. cyklu. od 3. cyklu. od 1. cyklu. od 6. cyklu.

S jakou pravděpodobností se bude v náhodné, nekonečně dlouhé sekvenci DNA vyskytovat štěpící místo pro EcoRI (GAATTC) restriktázu?. 1:6. 1:24. 1:4096. 1:1296.

Jakou teplotu Tm má uvedený oligonukleotid: 5´-GCGGAATACGATTCGGCAATCG-3´. 21°C. 37°C. 12°C. 68°C.

Jaká je molekulová hmotnost (Mw) sloučeniny, jestliže pro přípravu 5 mM roztoku jste použili 0,64 mg této látky a 218,1 μl rozpouštědla? (na 1 desetinné místo, bez jednotek).

Kolik molekul plasmidu pBR322 (4361 bp) je obsaženo ve 2 ng (Mw bp = 650) (v mol, jednotky nepiš, zaokrouhli na 2 desetinné místa).

Pomocí sekvenace Sangerovou enzymovou metodou byl získán následující výsledek. Jaká je sekvence původního oligonukleotidu. AATCGCTA. TAGCAGAT. TTAGCGAT. ATCGCTAA.

Pro stanovení podjednotkového složení proteinového komplexu byste použili metodu: PCR-RFLP. Southernův přenos. centrifugace v gradientu CsCl2. imunoprecipitace a SDS-PAGE.

Pro přenosnou "in situ" lokalizaci RNA v buňce byste použili: Nothernův přenos. PCR. DNA čipy. FISH.

Pro přenosnou "in situ" lokalizaci proteinů v buňce byste použili: Westernův přenos. imunodetekci in situ. proteinové čipy. konfokální mikroskopii.

Tzv. (Oxford) Nanopore sekvenování je založeno na: postupné ligaci fluorescenčně značených oktamerních oligonukleotidových sond. detekci pyrofosfátu uvolněného při syntéze DNA prostřednictvím luciferázi. inkorporaci fluorescenčně značených terminátorů polymerace a snímaní fluorescence. průchodu sekvenované molekuly hemolysinovým pórem a detekci elektrického signálu.

Pomocí DNA čipů s cDNA sondami můžeme zjistit. konformaci DNA. lokalizaci genů na DNA. počet chromozomů v buňce. změnu genové exprese.

Monoklonální protilátky se vyznačují: relativně jednoduchou připravou a vysokou specifitou. náročnou připravou a vysokou specifitou. relativně jednoduchou připravou a nižší specifitou. náročnou připravou a nižší specifitou.

Polyklonální protilátky se vyznačují: relativně jednoduchou připravou a vysokou specifitou. náročnou připravou a vysokou specifitou. relativně jednoduchou připravou a nižší specifitou. náročnou připravou a nižší specifitou.

V molekulární biologii nejčastěji užívané restriktázy typu 2 štěpí: náhodné sekvence. specifické sekvence. DNA od volných konců. ve velké vzdálenosti od vazebné sekvence.

Přidáním jednomocných kationtů a ethanolu do vodného roztoku NK při jejich precipitaci způsobí. jejich rozpuštění ve vodné části roztoku. jejich plynulou sedimentaci na povrchu roztoku a tím jejich vysrážení. záměnu počtu bazí v řetězcích NK a tím jejich vysrážení. snížení jejich rozpustnosti ve vodném prostředí a tím jejich vysrážení.

Principem enzymové metody sekvencování DNA (Sangerovo sekvencování) je: amplifikace úseků DNA určených k sekvencování pomocí PCR s využitím směsi ddNTP a dNTP. štěpení dsDNA amplikonů pomoci nukleáz. modifikace ssDNA řetězce pomocí chemických činidel s následným štěpením výsledku pomocí vysoké teploty v přítomnosti piperidinu. modifikace dsDNA řetězce pomocí chemických činidel s následným štěpenim výsledku pomocí vysoké teploty v přítomnosti piperidinu.

Principem kvantitativního stanovení pomoci Real Time PCR je: možnost provádět amplifikaci při vysokém počtu PCR cyklů. možnost měření nárůstu fluorescence neznámého vzorku v průběhu každého dalšího PCR cyklu během exponenciální fáze amplifikace bez jeho porovnání se standardem. možnost měření nárůstu fluorescence neznámého vzorku v průběhu každého dalšího PCR cyklu během exponenciální fáze amplifikace a jeho porovnání s nárůstem fluorescence standardů o definované koncentraci. možnost měnit koncentraci enzymů na vstupu při přípravě PCR reakce.

Principem extrakce nukleových kyselin a proteinů fenol-chloroformem je: separace proteinů a nukleových kyselin na rozhraní dvou vodných fází, z nich jedna je silně nasycena roztokem jednomocných kationtů. separace proteinů a nukleových kyselin na rozhraní etanolu a vody při teplo roztoku -70°C. separace proteinů na rozhraní lehčí vodné a těžší organické fáze, kde nukleová kyselina disociuje na rozhraní obou fází společně s proteiny. separace proteinů na rozhraní lehčí vodné a těžší organické fáze, kde nukleová kyselina disociuje v lehčí vodné fázi a proteiny na rozhraní obou fází.

Pro tento typ reakce byste použili enzym: DNA polymerázu. DNA kinázu. DNA fosfatázu. endonukleázu.

PCR amplikony (≈ 200 bp) byste při elektroforéze. nejlépe rozdělili v řídkém agarózovém gelu. nejlépe rozdělili v hustém agarózovém gelu. nerozdělili. denaturovali.

Pro vizualizaci DNA při elektroforéze NELZE použít: ethidium bromid. stříbro. SYBR Green. Coomasie blue.

NK absorbují UV záření s maximem při: 260 nm. 230 nm. 320 nm. 280 nm.

Je-li při vlnové délce absorbčního maxima DNA naměřena absorbance nižší než 0.1, bude výsledek měření koncentrace nukleové kyseliny pravděpodobně: zcela přesný. podhodnocený. nadhodnocený. zcela nepřesný.

Která z funkci DNA dependentni DNA polymerázy je nezbytná pro správný průběh Real Time PCR za použiti TaqMan Sond (na principu proximálního zhášení). funkce 5´-3´ exonukleázové aktivity. funkce 3´-5´ exonukleázové aktivity. funkce zvyšujici procesivitu polymerázy. funkce snižujíci procesivitu polymerázy.

Různé konformace plasmidové DNA (4 kbp) byste při elektroforéze: nejlépe rozdělili v řidkém (0.8%) agarózovém gelu. nejlépe rozdělili v hustém (2%) agarózovém gelu. nerozdělili. denaturovali.

Při izokinetické centrifugaci je rychlost sedimentace částic v průběhu centrifugace: nízká. vysoká. konstantní. nulová.

Při precipitaci nukleových kyselin etanolem v prostředí jednomocných kationtů ve vodném roztoku dochází k. neutralizaci záporného náboje PO, cukerného zbytku molekul DNA a tim ke sniženi jejich rozpustnosti ve vodě. fyzickému odděleni PO, od cukerného zbytku molekul DNA za současné disociace obou dceřiných řetězců nukleových kyseliny. pouze k fyzickému oddělení obou dceřiných řetězců nukleových kyseliny. nedochází k ničemu, nukleová kyselina je zcela intaktní k etanolu a jednomocným kationtům.

Při 2D elektroforéze proteinů se proteiny rozdělují dle svého: náboje a hmostnosti. pI a hmotnosti. náboje a pH. hustoty a terciární struktury.

Pro tento typ reakce byste použili enzym: DNA polymerázu. DNA kinázu. DNA fosfatázu. endonukleázu.

RNA-dependentní DNA polymeráza (reverzní transkriptáza): vytváří DNA řetězec podle RNA templátu. vytváří RNA řetězec podle DNA templátu. vytváří hybridní heteroduplexy DNA:RNA. spojuje DNA a RNA řetězce.

Závislost absorbance na koncentraci při A260 je lineární: od hodnoty 1,0. v rozsahu měření od 0,1 do 0,3. v rozsahu měření od 0 do 1,0. v rozsahu měření od -1,0 do +1,0.

Je-li při vlnové délce absorbčního maxima DNA naměřena absorbance vyšší než 0,3, bude výsledek měření koncentrace nukleové kyseliny pravděpodobně: zcela přesný. podhodnocený. nadhodnocený. zcela nepřesný.

K promývání precipitované DNA (tak aby zůstala stále vysrážená) se používá. 20 % ethanol. 50 % ethanol. 70 % ethanol. 100 % ethanol.

Ethidium bromid se. váže irevirzibilně do malého žlábku DNA. váže revirzibilně do malého žlábku DNA. interkaluje mezi báze DNA. neváže se na DNA.

Jako separační media pro elektroforézy se používá: glykogen. kyselina hyaluronová. polyakrylamid. antigen typu II.

Princip proximálního zhášení (použitý např. při konstrukci TagMan sond) je založen na: přesné poloze fluorescenční sondy v průběhu oligonukleotidu umožňující efektivní záření sondy. krátké vzdálenosti fluoroforu a zhášeče umožňující efektivní zhášení (Quenching). dlouhé vzdálenosti fluoroforu a zhášeče umožňující efektivní záření navržené sondy až do doby detekce. dlouhé vzdálenosti dvou flouroforů umožňující efektivní záření navržené sondy v době detekce.